将SBML模型转换为可模拟的Matlab函数

Question

我正在寻找一个工具来将SBML模型转换成Matlab函数。我从SBMLTranslate()中尝试过libSBML函数，但它返回的是Matlab，而不是函数。有人知道这种工具是否存在吗？谢谢

Answer 1

在这方面至少有三项努力：

1. Frank提供了一个用于SBML翻译的在线服务，您可以在这里上传一个SBML文件，它将生成一个MATLAB文件。生成的MATLAB文件顶部的注释说明了如何使用结果。C++源代码是可在SourceForge上获得。
2. 上面提到的Bergmann代码被斯坦利·顾( Stanley )用来创建sbml2matlab，一个Windows独立程序。即使如此，我不知道顾的版本是改变了还是增强了贝格曼版本所使用的算法，但这似乎是有可能的。(注意:据我所知，Gu现在在Google工作，不再维护这段代码。)
3. 系统生物学格式转换器(SBFC)是一个主要由Nicolas编写的框架；它包括一个转换器集合，其中一个是SBML-to-MATLAB转换器。这个转换器是用Java编写的。

我自己还没有比较翻译的结果，所以不能说产出的差异或质量。如果你尝试它们，并有任何反馈关系，请让作者知道。知道什么对真正的用户有用或不起作用，将有助于改善未来的状况。

最后一个警告是，所有这些都是研究项目，所以一定要相应地设定你的期望。(这并不是对作者的批评；作者们很好-我个人知道其中大多数人-但学术发展工作的现实是，我们都缺乏时间和资源，无法让这些系统变得全面、僵化、完善，并以我们希望的程度记录下来。)