使用R包“dismo”中创建的“gbm”模型和R包“gbm”中的函数

Question

这是我不久前问过的一个前一个问题的后续，最近得到了答复。

我用dismo::gbm.step构建了几个dismo::gbm.step模型，它依赖于R package gbm中的gbm拟合函数，以及来自R package splines的交叉验证工具。

作为我分析的一部分，我想使用R(例如透视图)中的一些图形工具来可视化数据中的成对交互。gbm和dismo包都具有检测和建模数据交互的功能。

dismo中的实现在Elith中得到了解释。(2008年)并返回一个统计数据，该统计数据指示模型预测与预测器的线性组合之间的偏差，同时保持所有其他预测器的均值。

gbm中的实现使用了Friedman`s的H统计量(Friedman & Popescue，2005年)，并返回了不同的度量，而且也没有按其均值设置其他变量。

使用dismo::gbm.interactions建模和绘制的交互非常棒，并且信息非常丰富。但是，我也想使用gbm::interact.gbm，部分原因是为了提高出版物的强度，也是为了比较这两种方法的结果。

如果我试图在用gbm::interact.gbm创建的gbm.object中运行dismo，则会返回一个错误…

"Error in is.factor(data[, x$var.names[j]]) : 
  argument "data" is missing, with no default"

据我所知，dismo::gmb.step添加了一些作者认为对gbm model有用的额外数据。

我也明白，我的问题的答案在一些地方，源代码。

我的问题是..。

1. 是否可以修改在gbm中创建的dismo对象以便在gbm::gbm.interact中使用？如果是的话，这会不会是通过. a.修改在gbm中创建的dismo::gbm.step对象？ 修改gbm::interact.gbm的源代码？ 做点别的事？

如果我想出一个解决方案，在别人回答之前，我会自己回答我自己的问题，我将通过源代码来解决这个问题。

Answer 1

gbm::interact.gbm函数需要数据作为参数interact.gbm <- function(x, data, i.var = 1, n.trees = x$n.trees)。

dismo gbm.object与gbm gbm.object本质上是一样的，但是附加了额外的信息，所以我不认为更改gbm.object会有帮助。