使用RScript.exe运行带有参数的rscript

Question

我有一个简单的R脚本，它接受输入值并根据输入值进行一些计算，并将其写入csv文件中。下面是我的r脚本代码。

testfun=function(x){
  x<-args[1]
  x=sqrt(x)+(x*x)
  a=x+x+x
  b=data.frame(x,a)
  setwd("D:\\R Script")
  write.csv(b,"testfun.csv",row.names=F)
}

我使用Jake提供的Rscriptrunner从我的asp.net web应用程序调用这个rscript。

/// <summary>
/// This class runs R code from a file using the console.
/// </summary>
public class RScriptRunner
{
    /// <summary>
    /// Runs an R script from a file using Rscript.exe.
    /// Example:  
    ///   RScriptRunner.RunFromCmd(curDirectory + @"\ImageClustering.r", "rscript.exe", curDirectory.Replace('\\','/'));
    /// Getting args passed from C# using R:
    ///   args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
    ///   print(args[1]);
    /// </summary>
    /// <param name="rCodeFilePath">File where your R code is located.</param>
    /// <param name="rScriptExecutablePath">Usually only requires "rscript.exe"</param>
    /// <param name="args">Multiple R args can be seperated by spaces.</param>
    /// <returns>Returns a string with the R responses.</returns>
    public static string RunFromCmd(string rCodeFilePath, string rScriptExecutablePath, string args, int iInput)
    {
            string file = rCodeFilePath;
            string result = string.Empty;

            try
            {

                var info = new ProcessStartInfo();
                info.FileName = rScriptExecutablePath;
                info.WorkingDirectory = Path.GetDirectoryName(rScriptExecutablePath);
                info.Arguments = rCodeFilePath + " " + args;

                info.RedirectStandardInput = false;
                info.RedirectStandardOutput = true;
                info.UseShellExecute = false;
                info.CreateNoWindow = true;

                using (var proc = new Process())
                {
                    proc.StartInfo = info;
                    proc.Start();
                    result = proc.StandardOutput.ReadToEnd();
                    proc.Close();
                }

                return result;
            }
            catch (Exception ex)
            {
                throw new Exception("R Script failed: " + result, ex);
            }
    }
}

我调用脚本rscriptrunner的方式如下

int x = 64;

    string scriptPath = string.Format(@"C:\Program Files\R\{0}\bin\Rscript.exe", Rversion);
    string path = string.Format(@"D:\testfun.r");
    string result = RScriptRunner.RunFromCmd(path, scriptPath, path.Replace('\\', '/'), x);

基本上，我希望将web应用程序中的x值提供到r代码中，并在r脚本中指定的csv文件中获取输出。

我尝试了以下线程中提供的几种方法

Passing Command

How can I read command line parameters from an R script?

Run R script with start.process in .net

然而，我无法得到我想要的。脚本不会被执行。我还尝试在rscript中添加args<-commandArgs(TRUE)，但它不起作用。

基本上，我是一个.net开发人员，由于客户端的需要，我想从我的web应用程序中运行r脚本。我不太了解R，如果有人帮助我如何将参数值传递给我的r代码，这将对我很有帮助。

Answer 1

我找到了一种通过ASP.NET C#为我的函数提供参数的方法。

基本上，我为我的r代码创建了一个包装器，这样我就可以从传递参数的另一个wrapper.r代码中调用我真正的r代码。

包装代码如下所示

args <- commandArgs(TRUE)
r <- as.double(args[1])
x <- as.double(args[2])
source("logistic.R")
logistic(r, x) 

在这里，我使用源代码函数调用我真正的r代码，并将参数传递给我的logical.R代码。

创建包装器后，我将使用以下代码执行r代码

Rscript logistic-wrapper.R 3.2 0.5

执行logistic-wrapper.R以及参数3.2和0.5将执行与参数一起提供的逻辑.r代码。

Answer 2

最快的方法是使用args运行run批处理，并将结果写入一个文件，比如命令行中的.json :run批处理--从-args a b c‘

在R：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
a <- args[1]
b <- args[2]
c <- args[3]

只需将结果写入文件

Answer 3

你可以用那个包裹漏斗。

假设您的脚本如下所示

# define the function
testfun <- function(x = 2, outfile = "testfun.csv"){
  x=sqrt(x)+(x*x)
  a=x+x+x
  b=data.frame(x, a)
  #setwd("D:\\R Script")
  write.csv(b,outfile,row.names=F)
}

help_text = "
This script creates a data.frame and writes it out as a CSV file.

Usage: testfunr.R testfun x=<a number> outfile=<myfile.csv>
"

library(funr)
out = funr(commandArgs(trailingOnly = TRUE), help_text = help_text)

然后简单地用参数调用函数。

Rscript testfun.r testfun x=2
# one may explicitly provide the output filename as well
Rscript testfun.r testfun x=2 outfile=myfile.csv