runjags模型中的未使用变量警告

Question

我正在通过R包runjags运行JAGS模型。我刚刚从Jags3.4更新到Jags4.0.0，并注意到了一些与更新相关的意外行为。

首先，当我运行模型时，我现在得到一个警告消息WARNING: Unused variable(s) in data table:，后面是模型中引用并作为数据提供的数据对象列表。它似乎不影响结果(但这是非常令人费解的)。然而，我在玩这个的时候注意到了几次，对于一些变量来说，后验和前驱几乎是一样的(表示没有更新)。我现在似乎无法重新创建更新失败，但下面是一个可重复的代码示例，演示了奇怪的警告信息。run.jags帮助页上的代码示例也会产生相同的警告。

第二，如果我使用R包R2jags而不是runjags，我会检查是否会弹出相同的消息，但是R2jags不会加载，因为显然rjags (依赖项之一)与Jag4.0不兼容(它在查找Jag3.x)。此外，在runjags函数run.jags中，参数method="rjags"似乎不再起作用，但method="parallel"确实起作用。

我使用runjages2.0.1-4和R3.2.2。

所以我的问题是：

1) rjags真的与Jags4.0不兼容吗？进入4.0的动机是使用向量作为索引(参见https://martynplummer.wordpress.com/2015/08/16/whats-new-in-jags-4-0-0-part-34-r-style-features/)。

( 2)未使用的变量警告是怎么回事，我应该关注它吗？

谢谢你，格伦

代码：

#--- GENERATE DATA ------------------------
rm(list=ls())
# Number of sites and observations per site
N <- 200
nobs <- 3
# generate covariates and standardize (where appropriate)
set.seed(123)
forest <- rnorm(N) 
# relationship between occupancy and covariates
b0 <- 0.5  
b.for <- 0.5
psi <- plogis(b0 + b.for*forest)
# draw occupancy for each site
z <- rbinom(n=N, size=1,prob=psi)
# specify detection probablility
p <- 0.5
pz <- p*z
# generate the observations
Y <- rbinom(n=N, size=nobs,prob=pz)
#---- BUGS model ------------------------
model1 <- "model {
for (i in 1:N){ 
    logit(eta[i]) <- b0 + b.for*forest[i] 
    z[i] ~ dbern(eta[i])
    pz[i] <- z[i]*p
    y[i] ~ dbin(pz[i],nobs) 
} #i
b0.0 ~ dunif(0,1)
b0 <- log(b0.0/(1-b0.0)) 
b.for ~ dnorm(0,0.01)
p ~ dunif(0,1)
}"
occ.data1 <-list(y=Y,N=N,nobs=nobs,forest=forest)
inits1 <- function(){list(b0.0=runif(1),b.for=rnorm(1),p=runif(1),z=as.numeric(Y>0))}  
parameters1 <- c("b0","b.for","p")
#---- RUN MODEL ------------------------
library(runjags)
ni <- 2000
nt <- 1
nb <- 1000
nc <- 3
ad <- 100
out <- run.jags(model=model1,data=occ.data1,monitor=parameters1,n.chains=nc,inits=inits1,burnin=nb,
    sample=ni,adapt=ad,thin=nt,modules=c("glm","dic"),method="parallel")

Answer 1

回答你的问题：

1) rjags和JAGS使用链接(不可交换)版本，CRAN系统仍然使用JAGS_3.4.0，因此CRAN匹配上的rjags版本。这将很快更新，同时您可以从sourceforge页面获取rjags的正确版本，如@jbaum注释。

2)这是JAGS/rjags提供的一条有用的消息，它告诉您您已经指定了模型没有使用的数据。记住，变量名是区分大小写的。

library('runjags')
model <- "model {
    m ~ dunif(-1000,1000)
    #data# M
    #inits# m
    #monitor# m
}"
M <- 0
m <- list(-10, 10)

results <- run.jags(model, method="interruptible", n.chains=2)
results <- run.jags(model, method="rjags", n.chains=2)

..。给出一个警告，因为m与m不匹配。还请注意，这个警告看起来与两个函数调用有点不同--在第一个函数调用中，它在JAGS输出的一半处出现，而在第二个函数中，它在函数完成后作为警告出现在R中。

至于“我是否应该关心”-是的，如果你认为这些变量应该在你的模型中。如果您找不到问题，尝试张贴您正在使用的代码-它被切断了您的原始帖子。

哑光