用R重采样fmri图像

Question

我想把一个尺寸为53x63x46的功能磁共振成像(nii or.img)重采样到一个256x256x256的新图像中。

事实上，我只需要新的3D数组(矩阵)。

在R方面将是：

NEWIMAGE [1:256,1:256,1:256]

如果不可能，你知道SPM (Matlab)是怎么做到的吗？如果可能的话，密码。

源文件，例如：

IMG尺寸(53x63x46)：3.img?dl=0

人类发展报告：3.hdr?dl=0

使用SPM的结果：

新IMG尺寸(256x256x256)：https://www.dropbox.com/s/y4ut9ttrj964q8c/ica3.nii?dl=0

谢谢!

Answer 1

我无法找到具体使用R的方法，但我将介绍两种方法：

1-使用Fresurfer：

#!/bin/bash
export FREESURFER_HOME=~/Neuro/freesurfer # your folder...
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

mri_convert -rl reference_image.img -rt interpolate image_to_resample.img new_image.img 

2-使用FSL：

flirt -in image_to_resample.img -ref ref_image.img -out new_image.img -applyisoxfm 1

此外，您还可以使用SPM，"Coregister (Reslice)“。

希望能帮上忙！