如何从命令行使用cTAKES？

Question

我想知道如何从命令行使用Apache cTAKES。

例如：

• 我有一个note.txt文件，其中包含了一些文字，比如“病人血糖升高，但检测证实没有糖尿病。病人的父亲患有成人糖尿病。”
• 我想使用提供的分析引擎\apache-ctakes-3.2.2-bin\apache-ctakes-3.2.2\desc\ctakes-clinical-pipeline\desc\analysis_engine\AggregatePlaintextUMLSProcessor.xml

我怎样才能得到分析引擎的输出(即。使用命令行(即不使用图形用户界面，如UIMA、CAS、Visual或集合处理引擎)？我更喜欢使用提供的JAR文件，而不是编译代码。

这个问题很简单，但我在cTAKES自述或汇合点上找不到这些信息。

Answer 1

请尝试以下步骤从命令行使用cTAKES CPE (键类为"org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE")：

1. 将目录更改为$CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/
2. 将test_plaintext.xml复制到另一个文件(例如，"test_plaintext_test.xml")。
3. 编辑"test_plaintext_test.xml“以设置输入目录；找到名称= "InputDirectory”的"nameValuePair“，并将值字符串设置为输入目录。下面的示例将输入目录设置为"$CTAKES_HOME/note_ input "： InputDirectory note_input
4. 同样，编辑"test_plaintext_test.xml“以设置输出目录(以下示例中的”$CTAKES_HOME/result_ output“)： OutputDirectory result_output
5. 保存"test_plaintext_test.xml“并将目录更改为$CTAKES/bin。
6. 将runctakesCPE.sh复制到另一个文件(例如，"runctakesCPE_CLI.sh")。
7. 编辑"runctakesCPE_CLI.sh"；替换最后一行("java .“)下面一行("USER“和"PW”应替换为您的UMLS用户名和密码，内存设置Xms和Xms可根据计算机上的内存大小进行调整)： $CTAKES_HOME/lib/*:$CTAKES_HOME/desc/:$CTAKES_HOME/resources/ -Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/test_plaintext_test.xml -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp -Xms2g -Xmx3g org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE
8. 保存"runctakesCPE_CLI.sh"，然后创建输入目录("$CTAKES_HOME/note_ input ")和输出目录("$CTAKES_HOME/result_ output ")。
9. 将您的note.txt放到输入目录(例如，"$CTAKES_HOME/note_ input /note.txt")，然后运行"runctakesCPE_CLI.sh“。
10. cTAKES CPE将在命令行模式下开始运行，生成的文件将在输出目录中生成(例如，"$CTAKES_HOME/result_ output /note.txt.xml")。

实际上，我使用您的note.txt来运行上面的步骤，下面是生成的note.txt.xml的前几行：

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><CAS version="2">
        <uima.cas.Sofa _indexed="0" _id="3" sofaNum="1" sofaID="_InitialView" mimeType="text" sofaString="Patient had elevated blood sugar but tests confirm no diabetes. Patient's father had adult onset diabetes.&#10;"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.structured.DocumentID _indexed="1" _id="1" documentID="note.txt"/>
        <uima.tcas.DocumentAnnotation _indexed="1" _id="10" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" language="x-unspecified"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Segment _indexed="1" _id="15" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" id="SIMPLE_SEGMENT"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Sentence _indexed="1" _id="21" _ref_sofa="3" begin="0" end="63" sentenceNumber="0"/>

希望这会有所帮助：)

Answer 2

java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*;$CTAKES_HOME/desc/;$CTAKES_HOME/resources‌​/ - Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g to_replace $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_p‌​rocessing_engine/tes‌​t_plaintext_test.xml

将"to_replace“替换为

org.apache.ctakes.ytex.tools.RunCPE or org.apache.ctakes.core.cpe.CmdLineCpeRunner