意外错误读取GML图

Question

我已经下载了包含dolphins social network的gml文件。

不久前，我对运行python3.4和networkx1.9的网络在Windows7机器上做了一些分析，但现在我在Arch机器上运行(使用相同版本的python，但使用networkx1.10的)，在试图读取文件时发现了一个问题。

这是用于读取文件的代码：

import networkx as nx
nx.read_gml("dolphins.gml")

这是错误的堆栈跟踪：

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "<string>", line 2, in read_gml
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/utils/decorators.py",line 220, in _open_file
result = func(*new_args, **kwargs)
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 210, in read_gml
G = parse_gml_lines(filter_lines(path), label, destringizer)
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 383, in parse_gml_lines
graph = parse_graph()
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 372, in parse_graph
curr_token, dct = parse_kv(next(tokens))
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 323, in tokenize
(line[pos:], lineno + 1, pos + 1))
networkx.exception.NetworkXError: cannot tokenize 'graph' at (1, 1)

你能读到文件吗？有人经历过类似的问题吗？或者知道是什么产生了错误？

提前谢谢你！

Answer 1

它通过将networkx版本从1.10降至1.9.1进行了工作。

希望这个答案能帮助到其他人。

Answer 2

在较新版本的networkx中，gml文件应该遵循更特定的格式。dolphins.gml的问题是，在开放的方括号之前不应该有任何回车。例如：

格式错误：

graph 
[
  directed 0
  node 
  [
    id 0
    label "Beak"
  ]
  .
  .
  .

正确格式：

graph [
  directed 0
  node [
    id 0
    label "Beak"
  ]
  .
  .
  .

它不在乎在方括号前有多少空位，只要有超过一个，而且没有回车。

最后我所做的是使用正则表达式来去掉开头方括号之前的空格。以下准则适用于我：

\s+\[

代之以“[”]。支架前必须至少有一个空格。

还要记住，每个节点都必须有一个唯一的标签。

希望能帮上忙。