Rcpp数据Rcpp不能上下文转换为bool

Question

当使用dataframes (来自Rcpp)时，通常如何处理默认值？

以下是我所尝试的：

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::DataFrame FindFormula(Rcpp::DataFrame(masslist),Rcpp::DataFrame(params)=NULL
  ,Rcpp::DataFrame(isotope)=NULL) {

  // access masslist by column
  Rcpp::NumericVector mass = masslist["exp mass"];
  Rcpp::IntegerVector  mag = masslist["intensity"];

  // default params, if no entry
  if (params==NULL)
  {
    // access params by column
    Rcpp::StringVector param = params["value"];

    // assign param variables (string to value)
    double tol = std::stod(param[0]);
    int charge = std::stoi(param[1]);
  }
  else
  {
    // default params
    double tol = 0.4;
    int charge =   0;
  }

params==NULL表达式是我获得错误的地方。如果我将params定义为int或数组，这似乎是可行的。我写的C++不多，而且对Rcpp还不熟悉，所以我很感激任何人对dataframe有更多了解。

Answer 1

有几个语法问题值得在您的代码中指出。首先，NULL比R中有一个非常C/C++中的不同含义 --不要像上面那样使用它。您可以在Rcpp代码中使用R_NilValue来表示R的NULL。此外，您的函数参数没有正确声明。从语法上讲，这句话-

Rcpp::DataFrame(masslist)

是在(大概)另一个名为DataFrame的DataFrame对象上调用masslist类的构造函数/复制构造函数，但这不是您想要的，它无论如何也不会编译。您的函数签名(广义地说)需要更类似于

ReturnType function_name(ParamType1 param1, ParamType2 param2, ...)

或者，使用默认参数，

ReturnType function_name(ParamType1 param1 = p1, ParamType2 param2 = p2, ...)

其中p1和p2是实际值，而不是变量。

在您的例子中，我认为编写没有默认参数的Rcpp函数并从R中指定默认值的简单包装函数调用它要简单得多。例如,

#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::DataFrame FindFormulaCpp(Rcpp::DataFrame masslist_,
                             Rcpp::DataFrame params_,
                             Rcpp::DataFrame isotope_) {
  // do whatever

  return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Result") = Rcpp::rnorm(5));
}


/*** R

masslist <- data.frame(x = 1:5, y = 6:10)
params <- data.frame(a = rnorm(5), b = 1:5)
isotope <- data.frame(e = letters[1:5])

RFindFormula <- function(arg1 = masslist, arg2 = params, arg3 = isotope) {
  FindFormulaCpp(arg1, arg2, arg3)
}

R> RFindFormula()
# Result
# 1  0.84583003
# 2 -0.65687178
# 3 -1.05891172
# 4 -0.06872972
# 5 -0.19695890

*/

但是，如果您坚持从C++中处理这个问题，您可以这样做：

#include <Rcpp.h>

struct my_defaults {
  Rcpp::DataFrame masslist, params, isotope;
  my_defaults() {
    masslist = Rcpp::Environment::global_env()["masslist"];
    params = Rcpp::Environment::global_env()["params"];
    isotope = Rcpp::Environment::global_env()["isotope"];
  }
};

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::DataFrame FindFormula(Rcpp::DataFrame masslist_ = R_NilValue,
                            Rcpp::DataFrame params_ = R_NilValue,
                            Rcpp::DataFrame isotope_ = R_NilValue) {
  Rcpp::DataFrame masslist, params, isotope;
  my_defaults defaults;

  if (masslist_.size() == 0) {
    masslist = defaults.masslist;
  } else {
    masslist = masslist_;
  }
  // likewise for the others
  return masslist;
}

没有必要像我上面所做的那样在struct中定义默认参数，您也可以调用，例如函数中的masslist = Rcpp::Environment::global_env()["masslist"];，但前一种方法感觉更有条理一些。无论如何，如果有可能，我强烈建议采取第一种方法。