正确指定S4泛型

Question

对不起，我的无知，但我不知道如何正确地实现S4泛型。过去几个小时我一直在挣扎。希望这是个简单的解决办法。

我试图为我的类定义简单的方法，如print和summary。我试过了一些不同的变体。下面的内容似乎是最接近工作的东西，但显然仍然不恰当。

做这件事的正确方法是什么？我做错了什么？

setClass("foo",
         representation= list(method= "character",
                              mle_iter= "numeric",
                              mle_log_lik= "numeric",
                              data= "list"))


print.foo <- function(obj) {
  cat("\n Method: ", obj@method,
      "\n\n Iterations: ", obj@mle_iter,
      "\n\n Log-Likelihood: ", obj@mle_log_lik)
}

setGeneric("print",
           def= function(obj) {
             print.foo(obj)
             standardGeneric("print")
           })

setMethod("print", signature= "foo",
          function(obj) {
            print(obj)
          })


dat <- as.data.frame(matrix(rnorm(500), ncol=5))

foo1 <- new("foo",
           method= "EM",
           mle_iter= 6,
           mle_log_lik= 1000,
           data= list(dat))

class(foo1)

# this gives me the print that I want; but throws two errors
# other things that I've tried have just done evaluated print.default()
print(foo1)

摘要法

## Summary
setGeneric("summary")

summary.foo <- function(obj) {
  print(obj)

  lapply(obj@data, dim)
}

setMethod("summary", signature= "foo",
  summary.foo)

summary(foo1) # works for this toy example. Doesn't work with my real code
# output for my real example
> Length           Class            Mode 
      1        mod_imputeMulti         S4 

我想这是对我无知的一个简单的修正，但我不确定是什么。提前感谢！

Answer 1

S4使用show()而不是打印。泛型已经存在。

getGeneric("show")

所以你的工作就是实现一个方法

setMethod("show", "foo", function(object) {
    cat("I'm a foo\n")
})

summary是一个S3泛型，从?Methods中，建议实现S3方法和S4方法

summary.foo <- function(object, ...) {
    ## implement summary.foo
    "I'm a foo"
}

setMethod("summary", "foo", summary.foo)

最后一行的副作用是，基于S4概述的原因，在?Methods上创建了一个S4泛型；显式创建S4泛型可能很有用，

setGeneric("summary")

summary.foo <- function(object, ...) {
    ## implement summary.foo
    "I'm a foo"
}

setMethod("summary", "foo", summary.foo)

在设置方法之前。

如果要实现一个全新的泛型和方法，那么代码将遵循这种模式。

setGeneric("bar", function(x, ...) standardGeneric("bar"))

setMethod("bar", "foo", function(x, ...) {
    ## implement 'bar,foo-method'
})

在这种情况下，不需要创建S3泛型或S3方法。