当模型对象是tuneValue对象时从模型对象访问S4 -插入符号，自定义模型

Question

我在插入符号中使用了一个自定义模型，它基本上建立在香草"cforest“方法上。

为了构建我的模型，我为cforest模型获取了modelInfo：

newModel <- getModelInfo("cforest", regex=F)[[1]]

我需要实现一个自定义的预测函数，所以我需要：

out$predict = function(modelFit, newdata, submodels = NULL) {
    # new predict function which needs the tuned parameters
    best.params <- modelFit$tuneValue
    # rest of the code using best params
}

新预测函数的内容本身是不相关的。重点是，我需要从预测函数中调优的值。

虽然代码在其他模型中运行得非常好，但这不能用于cforest，因为在本例中，modelFit是一个"RandomForest“S4对象，而我不能访问tuneValue。(准确的错误是"Error in modelFit$tuneValue : $ operator not defined for this S4 class")

我研究了"RandomForest“对象，它似乎不包含任何插槽中的调优值。

我的猜测是，由于它是一个S4对象，将调优值存储到$tuneValue中的插入符号代码在这种特殊情况下不起作用。

也许我可以在拟合过程中的某个时候手动保存调优值，但我不知道

1-我什么时候应该这样做(何时选择调优值？)

2-在预测期间，我应该把它们保存在哪里才能接触到它们？

有人知道我该怎么做吗？

下面是生成RandomForest S4对象的最小代码：

x <- matrix(rnorm(20*10), 20, 10)
y <- x %*% rnorm(10)
y <- factor(y<mean(y), levels=c(T,F), labels=c("high", "low"))

new_model <- getModelInfo("cforest", regex=F)[[1]]

fit <- train(x=x, y=y, method = new_model)

# this is a RandomForest S4 object
fit$finalModel

Answer 1

我花了一段时间才弄明白，但其实很简单。因为模型是一个S4对象，我想在其中添加信息.我构建了自己的S4对象，继承了这个模型！

为了做到这一点，我不得不更改"fit“函数。

# loading vanilla model
newModel <- getModelInfo("cforest", regex=F)[[1]]

# backing up old fit fun
newModel$old_fit <- out$fit

# editing fit function to wrap the S4 model into my custom S4 object
  newModel$fit <- function(x, y, wts, param, lev, last, classProbs, ...) { 

    tmp <- newModel$old_fit(x, y, wts, param, lev, last, classProbs, ...)    

if(isS4(tmp)) {
      old_class <- as.character(class(tmp))
      # creating custom class with the slots I need
      setClass(".custom", slots=list(.threshold="numeric", .levels="character"), contains=old_class)

      # instanciating the new class with values taken from the argument of fit()
      tmp <- new(".custom", .threshold=param$threshold, .levels=lev, tmp)
    }
    tmp
  }

现在，模型对象一致地属于".custom“类，因此我可以这样做：

newModel$predict = function(modelFit, newdata, submodels = NULL) {    
    if(isS4(modelFit)){
      if(class(modelFit)!=".custom")
        error("predict() received a S4 object whose class was not '.custom'")
      obsLevels <- modelFit@.levels
      threshold <- modelFit@.threshold
    } else {
      obsLevels <- modelFit$obsLevels
      threshold <- modelFit$tuneValue$threshold
    }
    # rest of the code
}

这很好，现在我的自定义模型可以扩展任何插入符号模型，而不管它是依赖于S4对象，比如c林还是svm！