软件包“rjags”的安装具有非零退出状态。

Question

Linux Ubuntu 14.04 LTS R: r版本3.2.1 ( 2015 -06-18) -“世界著名宇航员”版权(C) 2015统计计算平台R基金会: i686-pc-linux-gnu (32位)

当我试图安装包rjags时，会出现以下致命错误：

install.packages("rjags")
Installing package into ‘/home/marco/.rkward/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'http://mirrors.softliste.de/cran/src/contrib/rjags_3-15.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 66879 bytes (65 KB)
==================================================
downloaded 65 KB

* installing *source* package ‘rjags’ ...
** package ‘rjags’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for prefix by checking for jags... no
configure: error: "Location of JAGS headers not defined. Use configure arg '--with-jags-include' or environment variable 'JAGS_INCLUDE'"
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
* removing ‘/home/marco/.rkward/library/rjags’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpditLat/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rjags") :
  installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status

显然，第一个错误消息是

配置:错误：“JAGS的位置未定义。使用configure‘--与-jags--包括’或环境变量'JAGS_INCLUDE'”

我怎么才能解决这个问题？

Answer 1

正如一条最重要的注释所解释的，您需要在您的系统中安装JAGS (只是另一个Gibbs取样器)。因为您使用的是Ubuntu14.04，所以运行

sudo apt-get install jags

应该就够了。但是，如果您处于另一个发行版中(或者，由于某些原因，上面的代码对您不起作用)，那么了解如何从源代码中获取JAGS是个好主意：

1. 接入http://mcmc-jags.sourceforge.net/
2. 在“下载”下寻找合适的版本。例如，Fedora用户应该查看vrdc/的vrdc/文件夹。
3. 不要忘记下载基础和开发版本。

安装成功后，您可以返回R(无论如何，它可以在整个过程中保持打开)并安装所需的包。

Answer 2

对我来说，首先，我按终端处理安装插孔：

sudo apt-get install jags 

然后

install.packages("rjags") 

错误就消失了。

Answer 3

1)如有必要，请下载并安装R (https://www.r-project.org/)，并可能将用户界面安装到R(如R Studio )(有关开始使用R的技巧，请参阅这里)。2)根据操作系统要求下载并安装JAGS。(http://mcmc-jags.sourceforge.net/) 3)安装额外的R包:例如，在R install.packages("rjags")中。特别是，我使用包rjags与JAGS和coda接口来处理MCMC输出。