在PGI Fortran中分配大数组

Question

我试图在Fortran中分配一个真正的数组finn_var(459,299,27,24，nspec)。nspec = 24工作正常，nspec = 25不工作。没有用于分配过程的错误消息，但是打印命令打印空值而不是零值。如果使用该数组，将出现“分段错误”错误消息。测试程序是

  program test

  implicit none

  integer                    :: nx, ny, nez, nt, nspec
  integer                    :: allocation_status
  real , allocatable         :: finn_var(:,:,:,:,:)

  nx    = 459
  ny    = 299
  nez   = 27
  nt    = 24
  nspec = 24

  allocate( finn_var(nx, ny, nez, nt, nspec), stat = allocation_status )
  if (allocation_status > 0) then
    print*, "Allocation error for finn_var"
    stop
  end if

  print*, finn_var

  end

不应该是内存问题。我没有问题地分配了双精度finn_var(459,299,27,24,24)。那么，原因是什么呢？

我在linux服务器上使用pgf90。cat /proc/meminfo命令：

MemTotal:     396191724 kB
MemFree:      66065188 kB
Buffers:        402388 kB
Cached:       274584600 kB
SwapCached:          0 kB
Active:       131679328 kB
Inactive:     191625200 kB
HighTotal:           0 kB
HighFree:            0 kB
LowTotal:     396191724 kB
LowFree:      66065188 kB
SwapTotal:    20971484 kB
SwapFree:     20971180 kB
Dirty:          605508 kB
Writeback:           0 kB
AnonPages:    48317148 kB
Mapped:         123328 kB
Slab:          6612824 kB
PageTables:     132920 kB
NFS_Unstable:        0 kB
Bounce:              0 kB
CommitLimit:  219067344 kB
Committed_AS: 53206972 kB
VmallocTotal: 34359738367 kB
VmallocUsed:    275624 kB
VmallocChunk: 34359462559 kB
HugePages_Total:     0
HugePages_Free:      0
HugePages_Rsvd:      0
Hugepagesize:     2048 kB

无限制的-a命令：

core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 3153920
max locked memory       (kbytes, -l) 32
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 10240
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 3153920
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited

我是由pgf90编译的。但是如果我是由gfortran编写的，就没有问题了。

Answer 1

不一定是内存不足。数组的大小为2 223 304 200。这令人怀疑地接近最大32位整数2 147 483 648。

编译器内部使用的元素计数看起来是溢出的。对malloc的内部调用请求内存不足，然后任何在末尾读取某些元素的尝试都会失败。

这是编译器在其默认设置中的一个限制。可以通过使用选项‑Mlarge_arrays来设置使用64位寻址。

请参阅ref/ch05.html#ArryIndex

Answer 2

您的问题很可能是内存问题。

您的数组要求每个459*299*27*24 * 4B (假设默认real需要内存的4B )。对于nspec == 24，这导致了大约7.95GiB的内存需求，而nspec == 25则需要在8.28GiB周围。

我猜，您的物理内存仅限于8GiB，或者某些ulimit限制了该进程允许的内存量。