使用rJava从R中使用Jackcess

Question

我对Java不太熟悉，但我尝试用R (我的fav)完成这个任务！

有一个名为Java的Jackcess库。我想连接到这个库，并在其中打开一个MS 2003 .mdb文件。杰克塞斯食谱告诉我使用这个库的第一步是：

Database db = DatabaseBuilder.open(new File("mydb.mdb"));

或者正如戈德所暗示的，

File file = new File("C:/Users/Public/jackcessTest.mdb");
DatabaseBuilder dbbo = new DatabaseBuilder();
dbbo.setFile(file);
Database db = dbbo.open();

但我被困在了第一步。

我已经安装了Java和rJava，并设置了所有关于目录的内容。这是我在R中的代码

library(rJava)

.jinit()
.jaddClassPath("java/jackcess-2.1.2.jar") # there I have put the downloaded jar file of Jackcess

# .jaddClassPath("java/commons-logging-1.2.jar") # this is the commons-logging class that Jackcess depends on, commented to replicate problem 2] in my question.



file.name <- "D:/63.mdb" # some data base .mdb file (containing only tables)

file <- .jnew("java/io/File",file.name)
dbbo <- .jnew("com/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder")

编辑:我发现我有两个问题，一个解决了，一个还没有解决。到现在为止一切都还好，但从现在开始我有一些问题：

1]正确地从Jackcess调用一个没有签名不匹配的方法，这两个都不工作：

dbbo <- .jcall(dbbo,"L<DatabaseBuilder>","setFile",file)
dbbo <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder","setFile",file)

我知道这个错误：

Error in .jcall(dbbo, "Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder",  : 
method setFile with signature (Ljava/io/File;)Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder not found

我找到了这个步骤的答案，我只需要在类定义字符串的末尾使用分号(;)。

dbbo <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder;","setFile",file)

2]正确调用open方法，这是我的第一轮尝试：

 db <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;","open",evalArray = FALSE,evalString = FALSE)

我得到了一个错误：

 Error in .jcall(dbbo, "Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;", "open",  : 
 java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/logging/LogFactory

我在googled上搜索并发现Jackcess依赖于一个名为共用测井的库，所以下载它并将其添加到类路径解决了这个问题。

3]正确调用open方法，这是我的第二轮尝试:在类路径中使用共用日志记录。

db <- .jcall(dbbo,"Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;","open",evalArray = FALSE,evalString = FALSE)

这给了我一个错误：

Error in .jcall(dbbo, "Lcom/healthmarketscience/jackcess/Database;", "open",  : 
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class com.healthmarketscience.jackcess.impl.DatabaseImpl

对这个错误有什么想法吗？

注意:一些答案是在我编辑之前提出的，所以现在看来它们似乎无关紧要了，但我已经在我前面解释的步骤中使用了它们。

Answer 1

下面的代码展示了Java中使用“真实”.setFile对象的.open和DatabaseBuilder方法的另一种方法：

File file = new File("C:/Users/Public/jackcessTest.mdb");
DatabaseBuilder dbbo = new DatabaseBuilder();
dbbo.setFile(file);
Database db = dbbo.open();

在rJava中尝试类似的东西，看看它是否适合您。

编辑re:更新的问题

您提到您向CLASSPATH添加了Apache，但Jackcess也依赖于Apache v2.x (而不是v3.x)，因此请尝试下载该共用测井并将其包括在CLASSPATH中。

Answer 2

3项建议：

将commons-lang-2.0.jar包含在classPath中，类似于

rJava::.jaddClassPath("commons-lang-2.0.jar")

简单的方法是尝试使用J()调用，如下所示：

dbb <- rJava::.jnew("com/healthmarketscience/jackcess/DatabaseBuilder")
dbjfile <- rJava::.jnew('java/io/File', "D:/63.mdb")
dbop <- rJava::J(dbb, "open", dbjfile)

不管它的价值是什么，如果你真的想用低级的方式去做，这是一种尝试的方法：

dbop <- .jcall(
    "RJavaTools"
  , "Ljava/lang/Object;"
  , "invokeMethod"
  , .jcall(dbb, "Ljava/lang/Class;", "getClass")
  , .jcast(dbb, "java/lang/Object")
  , .jnew("java/lang/String", "open")
  , .jarray(list(dbjfile), "java/lang/Object", dispatch = FALSE)
  , .jarray(rJava:::._java_class_list(list(dbjfile)), "java/lang/Class", dispatch = FALSE)
  , use.true.class = TRUE
  , evalString = TRUE
  , evalArray = FALSE
  )