Nest模拟器: python说“没有名为nest的模块”

Question

安装Nest神经模拟器之后，在尝试运行安装过程中的任何示例python文件时，都会得到以下错误。我试过重新安装Nest、Python和使用Anaconda，但没有成功。

Python错误：

ImportError:没有名为nest的模块

有什么建议吗？

Answer 1

在https://nest-simulator.org/documentation，您现在可以找到许多不同的安装说明，如何解决"ImportError: no模块nest“取决于安装NEST的方式。

系统Python

没有找到nest python模块的问题通常是，NEST是为特定的Python安装的，您不能从另一个版本加载它。因此，虽然许多OS仍然使用Python2.7，但您可能需要显式地运行

$ python3
>>> import nest

此外，如果您安装了多个Python3.x版本，则可能仍然会安装不同版本的模块，并且必须使用python3.6或python3.8等显式启动Python。

Conda封装

正如@nosratullah已经提到的，如果您安装了Conda风味，使用预构建的包是一个非常快速的解决方案。他的帖子中的链接不幸被破坏了；这一个应该可以工作，然后转到侧栏中的“安装”。

$ conda create --name nest -c conda-forge python3 nest-simulator
$ conda activate nest
$ python           # this should load the Python from the conda env
>>> import nest    # this loads nest which is installed explicitly for that Python

来源：

对于从源代码进行的每一次安装，请确保在构建NEST之前安装了Python和其他先决条件。然后，您可以创建临时构建目录(之后可以删除)，并使用所需的标志进行配置。

cd somewhere
mkdir nest-build
cd nest-build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/install/path -Dwith-python=3 .../sources/of/nest-simulator

将somewhere、/install/path和.../sources/of/nest-simulator替换为正确的设置路径。(例如，在与Conda环境一起从源代码编译时，一个流行的选择是使用-CMAKE_INSTALL_PREFIX=$CONDA_PREFIX，它直接将嵌套安装到活动环境中。然而，Conda并不是筑巢所必需的。)

根据您的喜好添加更多的-D...标志。您在cmake -LA .../sources/of/nest-simulator中看到的可能标志，如这里所指出的。最后，您可能对许多with-xyz感兴趣。检查前面提到的文档中的deatils。

检查Configuration Summary中报告的路径和库是否有意义(您可能需要向上滚动才能看到)。例如，它看起来可能如下所示：

--------------------------------------------------------------------------------
NEST Configuration Summary
--------------------------------------------------------------------------------

[...]
Python bindings     : Yes (Python 3.6.8: /home/yourname/miniconda3/envs/nest/bin/python3)
       Includes     : /home/yourname/miniconda3/envs/nest/include/python3.6m
       Libraries    : /home/yourname/miniconda3/envs/nest/lib/libpython3.6m.so

Cython bindings     : Yes (Cython 0.27.3: /home/yourname/miniconda3/envs/nest/bin/cython)
[...]
--------------------------------------------------------------------------------

[...]
PyNEST will be installed to:
    /home/yourname/miniconda3/envs/nest/lib/python3.6/site-packages
--------------------------------------------------------------------------------

在本例中，CMake从conda环境中为Python3.6配置了所有内容。

如果您对您的设置满意，并且所有已找到的Python版本都匹配，请按通常的方式运行

$ make     # optionally with -j$(nproc)
$ make install
$ make installcheck

如果这样做很好，您就可以删除构建目录来释放空间。祝贺你!此外，如果事情变得太混乱，而且它似乎不像您所期望的那样，有时删除构建目录并开始清理是有用的。

Answer 2

NEST现在通过提供一个自动设置相关系统变量的脚本，提供了该问题和类似问题的解决方案：

如果您的操作系统找不到nest可执行文件，或者Python没有找到nest模块，那么您的路径变量可能无法正确设置。如果Python由于缺少或不兼容的库而无法加载nest模块，也可能出现这种情况。在这种情况下，请运行 源/bin/nest_vars.sh 若要设置必要的环境变量，请执行以下操作。您可能希望在.bashrc文件中包括这一行，以便自动设置环境变量。

• install.html

Answer 3

有一种新的安装方法添加到其他方法，wich是安装nest与conda软件包，它在它的测试版。但它很有效，而且很简单。你可以从这里找到安装！安装了迷你conda软件包后，运行您的终端并键入以下内容：

conda create --name ENVNAME -c conda-forge nest-simulator python

然后键入：

conda activate ENVNAME

你就可以走了！