install.packages()从R3.1.2到R3.2.1的变化

Question

我正在一台Windows 7机器上工作，没有互联网接入。到目前为止，我通过在//server/x/bin/windows/contrib/3.1中创建二进制CRAN存储库的本地副本，然后运行write_PACKAGES("//server/x/bin/windows/contrib/3.1")，最后在C:/Program Files/R/R-3.1.2/etc/Rprofile.site中设置r["CRAN"]="file:////server/x";r["CRANextra"]=r["CRAN"];，从而绕过了缺少的internet连接。

但自从R3.2.1以来，这已经不再起作用了。install.packages错误消息中的路径指示R正在查找源包：

Cannot open compressed file '//server/x/src/contrib/PACKAGES'

我认为Windows上的R只会查找二进制包！

看看3.1.2和3.2.1 install.packages之间的差异，我可以看到相当多的变化。但是，函数的源代码有500+行，这使我很难明确问题所在。

我已经试过

options(install.packages.check.source="no")

并显式地将type="win.binary"添加到install.packages中--两者都没有成功。

同样有趣的是，

contrib.url(options("repos")$repos["CRAN"],type="win.binary")

给出正确的路径file:////server/x/bin/windows/contrib/3.2，但不知怎么install.packages(...,type="win.binary")不使用.

所以我的问题是你们是否也遇到过类似的问题？

如果没有，我会很感激你给我指点我可能犯的错误。

Answer 1

我发现了这个问题。R3.2.1新闻部分(https://cran.r-project.org/src/base/NEWS)说

• 在使用二进制包的平台上，默认的选项pkgType现在是“两者兼而有之”，因此如果二进制版本不可用或不最新，将尝试源代码包。

问题是RStudio不直接调用install.packages，而是通过一些其他函数(如.rs.callAs )调用。在其中一个函数中，调用available.packages()时不带任何参数。因此，它通过type通过getOption("pkgType")确定参数。但由于R3.2.1，这现在是"both"，而不是R3.1.2中的"win.binary"。

因此，解决此问题的一个快速解决方法是添加

options(pkgType="win.binary")

到yourRinstallpath/etc/Rprofile.site