源()子文档中的文件--已更改的工作目录

Question

我遇到了一个意外的问题，试图在.Rnw文件的子文档中找到一个包含一些函数的文件。我的目录结构是

CARME2015.Rnw  -- main file
  /frames
  /examples
  /fig
...

主文件包含以下块：

<<odds, child="frames/odds.Rnw">>=
@

在子文件./frames/odds.Rnw中，我有以下块：

<<hv-setup, include=FALSE >>=
source("examples/odds.R")
@

在RStudio下运行编织机会产生以下错误：

> knit2pdf("CARME2015.Rnw", quiet = TRUE)
processing file: ./frames/intro.Rnw
processing file: ./frames/ucb-ex.Rnw
processing file: ./frames/odds.Rnw
Quitting from lines 2-9 (./frames/odds.Rnw) 
Quitting from lines 78-93 (./frames/odds.Rnw) 
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
  cannot open the connection

最后，我意识到child=块选项必须将当前工作目录重置为包含子文件的工作目录，因此下面的确实使用来包含我的R文件：

<<hv-setup, include=FALSE >>=
source("../examples/odds.R")
@

我想知道这是一个bug还是一个“特性”？在LaTeX中，包含文件的路径总是相对于文档根目录来考虑的，例如，

\includegraphics{fig/myfig}

将在文档文件结构中的任何位置工作。

(相关主题：knitr: child document in different directory)

Answer 1

无论您认为它是一个bug还是一个特性，都取决于您自己，但是这种行为在?knit中有记录。

在默认情况下，计算R代码块时的工作目录是输入文档的目录。

由于子文档只是(RNW)“文档中包含的文档”，因此子文档获得自己的工作目录是很自然的。

与LaTeX的比较是无效的，因为在那里您只input文档的片段，而不是一个独立的文档。(回想一下:子文档包含块，而不仅仅是一个块的内容，这就是我这里所说的“自我包含”的意思。)

这就是说，您可以避免由于标准行为而出现的问题:在主文件中，将root.dir设置为当前工作目录。

main.Rnw

\documentclass{article}
\begin{document}

<<>>=
library(knitr)
opts_knit$set(root.dir = getwd())

print(getwd())
@

<<child = "sub/child.Rnw">>=
@

\end{document}

sub/child.Rnw

<<>>=
print(getwd())
@

这将打印同一目录两次。如果跳过opts_knit，则将子文档的工作目录设置为sub进行计算。