Python :使用netCDF4替换netcdf文件中的值

Question

我有一个netcdf文件，它有几个值< 0。我想用一个单一的值(比如说-1)来替换它们。我如何使用netCDF4实现这一目标？我在文件里读到这样的内容：

import netCDF4

dset      = netCDF4.Dataset('test.nc')
dset[dset.variables['var'] < 0] = -1

Answer 1

如果希望将数据保存在netCDF变量对象中，则应该可以：

import netCDF4

dset = netCDF4.Dataset('test.nc', 'r+')

dset['var'][:][dset['var'][:] < 0] = -1

dset.close() # if you want to write the variable back to disk

如果您不想写回磁盘，那么继续获取numpy数组并将其切片/分配给它：

data = dset['sea_ice_cover'][:]  # data is a numpy array
data[data < 0] = -1

Answer 2

对我来说，前面的答案行不通，我用以下方法解决了这个问题：

dset = netCDF4.Dataset('test.nc','r+')
dset.variables['var'][:]
... your changes ...
dset.close() 

Answer 3

解决方案1: Python

此解决方案使用xarray读取和写入netcdf文件，并使用包的函数http://xarray.pydata.org/en/stable/generated/xarray.where.html有条件地重置值。

import xarray as xr
ds=xr.open_dataset('test.nc')
ds['var']=xr.where((ds['var']<0),-1,ds['var'])
ds.to_netcdf('modified_test.nc') # rewrite to netcdf

解决方案2:来自命令行的NCO

我知道OP需要一个python解决方案，但是如果有人只想通过命令行快速执行这个任务，还有一种使用nco的方法：

ncap2 -s 'where(x<0.) x=-1;' input.nc -O output.nc

根据这篇文章：setting values below a threshold to the threshold in a netcdf file

解决方案3:命令行中的CDO

cdo还具有表达式功能，允许您在命令行的一行程序中执行此操作。

cdo -expr,'var = ((var < 0)) ? -1 : var' infile.nc outfile.nc

python中有一个cdo包，它允许您直接在python中使用此功能，而无需求助于sys。