无权图的聚类算法

Question

我有无权无向图作为我的网络，基本上是蛋白质的网络，我想把这个图聚在一起，把这个图分成不相交的簇。任何1种聚类算法，我可以应用在无权无向图的生物网络上。

Answer 1

目前已有几种图划分算法，它们使用不同的范式来解决相同的问题。

最常见的是卢万优化纽曼模块化的方法。在python中，使用Networkx作为图形库，您可以使用社区对图形进行分区。

最快的图分区使用梅蒂斯。它是基于层次图的粗化。

您还拥有最初设计用于分割图像的N-切。

最后，您可以使用随机块模型技术对图进行分区。在图形工具中可以找到一个非常好的python实现和一些块模型技术。

我最喜欢的是后者，它速度快(基于Boost图形库)，相对容易使用和可调。

编辑:注意，在图形工具中，我们所称的卢万模块化实际上是纽曼的算法，医生来了。