R:在DBSCAN中绘制集群时，图形边距过大

Question

我试图对时间序列代谢反应数据进行聚类，用DBSCAN对代谢物进行分类。这是一个大得多的数据集，有1000行(时间点)和2190个变量(代谢物浓度)。我首先尝试一个包含250行和2190个变量的数据子集。这是我用于聚类的距离矩阵。

我试图绘制DBSCAN的集群输出。但我得到了低沉的错误。

plot.new()中的错误:图形边距太大。

然后我尝试使用png()。这是我使用的代码。

library(fpc)
dbsEUCLQ1 = dbscan(Q1Matrix,eps=0.6, MinPts = 5, method = "dist")

png(file = "Q1.png", width = 1500, height = 1000)
plot(Q1Data,col=dbsEUCLQ1$cluster)
dev.off

但我还是无法创作出这个情节。我得到了下面的错误。

绘图(Q1Data，col=dbsEUCLQ1$cluster) plot.new()中的错误:图形边距过大的dev.off函数(其中= dev.cur()) { if (哪个== 1)停止(“无法关闭设备1(空设备)”) .External(C_devoff，as.integer(其中)) dev.cur() }

我在这里做错什么了吗？任何有关这方面的帮助都将不胜感激。

Answer 1

以下是一个非常类似的问题的相关答案：

当我试图绘制高维数据时，我犯了这个错误。如果这就是您要做的事情，请尝试多维缩放：http://www.statmethods.net/advstats/mds.html

https://stackoverflow.com/a/17220137/338303