带有本地二进制存储库的Packrat

Question

我想在没有互联网连接的Windows 7机器上使用packrat。我已经从http://cran.r-project.org/bin/windows/contrib/3.1/下载了所有二进制包到本地文件夹C:/xyz/CRAN_3_1中。

现在的问题是

packrat::init(options=list(local.repos="C:/xyz/CRAN_3_1"))

抛出一系列警告和错误，例如

Warning: unable to access index for repository http://cran.rstudio/bin/...
Warning: unable to access index for repository http://cran.rstudio/src/...
Fetching sources for Rcpp (0.11.4) ... Failed
Package Rcpp not available in repository or locally

就像看起来packrat试图找到

1. CRAN上Rcpp的二进制版本(由于没有互联网连接而失败)
2. CRAN上Rcpp的来源(由于没有互联网连接而失败)
3. 包的本地源(失败，因为我只有二进制文件)

我不明白为什么packrat也不搜索本地二进制包..。

问题1:我可以下载源CRAN存储库来解决这个问题。但是我想从你们那里知道是否有一个更简单的解决方案，也就是，是否有可能让packrat接受本地二进制回购。

问题2：当我创建自己的包myPackage并启用packrat时，myPackage-specific本地packrat库也会包含在包中吗？也就是说，假设我将二进制myPackage压缩文件交给我的同事，他没有myPackage所依赖的包(假设是Rcpp)。当我使用Rcpp时，myPackage中会包含packrat吗？还是我的同事必须亲自安装Rcpp？

Answer 1

我设法解决了这个问题。请记住，我以前从未使用过packrat，而且我不知道它的“正确”行为。但我的印象是黑客成功了。我就是这样做的：

1. 打开您的项目，通过packrat加载library(packrat)
2. 键入fixInNamespace("snapshotImpl",ns="packrat") -打开一个窗口-将其内容复制到剪贴板中
3. 转到/yourProjDir/并创建一个文件snapshotImplFix.R
4. 把剪贴板的内容复制到这个文件中。
5. ..。但将第一行更改为 snapshotImplFix=function (project, available = NULL, lib.loc = libDir(project), dry.run = FALSE, ignore.stale = FALSE, prompt = interactive(), auto.snapshot = FALSE, verbose = TRUE, fallback.ok = FALSE, snapshot.sources = FALSE) 注意snapshot.sources = FALSE！保存并关闭文件。
6. 创建/yourProjDir/.Rprofile并添加 setHook(packageEvent("packrat","onLoad"),function(...) { source("./snapshotImplFix.R"); tmpfun=get("snapshotImpl",envir=asNamespace("packrat")); environment(snapshotImplFix)=environment(tmpfun); utils::assignInNamespace(x="snapshotImpl",value=snapshotImplFix,ns="packrat");}) 第2-6点修正了默认情况下snapshot.sources参数为TRUE的问题(我没有找到更好的方法来更改.)
7. 最后，我们必须告诉packrat使用我们的本地存储库。重要的是要有正确的文件夹结构。因此，我将回购从C:/xyz/CRAN_3_1移到了C:/xyz/CRAN_3_1/bin/windows/contrib/3.1。如果您还必须移动您的文件，请不要忘记运行library(tools);write_PACKAGES("C:/xyz/CRAN_3_1/bin/windows/contrib/3.1");。
8. 再次打开yourProjDir/.Rprofile并在末尾添加 local({r=getOption("repos");r["CRAN"]="file:///C:/xyz/CRAN_3_1";r["CRANextra"]=r["CRAN"];options(repos=r)}) 注意/后面的3 file！保存和退出文件。
9. 关闭项目并重新打开。
10. 现在您可以执行packrat::init()了，并且它应该没有错误地运行。

如果一个在packrat方面有更多经验的人能给出他/她的意见，我就能确定这个黑客成功了，那就太好了。当然，任何指向正确解决方案的指针都会受到高度赞赏。