Python中的ITK : SimpleITK还是非？

Question

多亏了SimpleITK in Python，我已经开始与SimpleITK合作一周了。尽管目前我对SimpleITK很满意，但我注意到Powell optimization scheme或OnePlusEvolutionary one这样的特性在SimpleITK中是不可用的。以地标为基础的注册方法似乎也是如此。

因此，我想知道是否有一种方法可以检索ITK (在C++中)在SimpleITK中可用的所有功能，还是有必要执行自己的包装？

如果不是，我以后将学习C++这样做！

谢谢!

Answer 1

你是对的。SimpleITK的功能是有限的。但是，可以使用WrapITK接口访问Python中的整个ITK库。这是一个旧的界面，我认为已经有一段时间没有更新了。但是，仍然可以从源代码编译新构建并使用WrapITK。

这一过程并不完全顺利。我过去在Windows机器上做过构建，然后注意到了一些我不得不遇到的不太顺利的步骤。我会把那些放在这里。由于您没有提到您的操作系统，我将继续解释Windows的设置。让我们看看你能不能让它启动并运行。

• ITK-4.6 + Python2.7 + CMake + VS2008专业人员(全部32位)
• 没有比VS2008更晚的东西可以编译GCCXML，这是生成python绑定所必需的。
• 配置CMAKE之后，需要额外设置以下标志：
  • ITK_WRAP_PYTHON
  • ITK_WRAP_* (所有类型:浮动、双等)
  • ITK_BUILD_SHARED_LIBS (如果设置了第一个标志，则自动设置)

​

• 在VS2008中，只在发布模式下构建。项目资源管理器中的项目数将超过500个。大约300-350应该被建造。
• 在构建时，请确保您有一个可访问的下载GCCXML的internet选项(在VS2008中启动构建之后，很可能会下载这些内容)。在验证下载时不应该出现错误。如果存在，可能是因为目录创建权限错误。
• 这个项目的构建应该没有错误。
• 将WrapITK.pth文件从ITK build/Wrapping/Generators/Python/Release复制到Python/Lib/site-packages
• 在Path变量中添加以下内容：
  • C:\ProgramLibs\ITK\build2008\lib\Release
  • C:\ProgramLibs\ITK\build2008\bin\Release
  • C:\ProgramLibs\ITK\build2008\lib

​

• 现在，ITK应该能够正常工作(下面是一个测试python文件，您可以使用它来对构建运行正常检查)。除了每次在程序中或Python解释器中第一次调用itk.Image之外，还有十几个警告，它们需要时间来执行。这是一个众所周知的问题。一旦你通过了这件事，就很顺利了。

测试文件

import itk
pixelType = itk.UC
imageType = itk.Image[pixelType, 2]
readerType = itk.ImageFileReader[imageType]
writerType = itk.ImageFileWriter[imageType]
reader = readerType.New()
writer = writerType.New()
reader.SetFileName("<input image file location>")
writer.SetFileName("D:/Output.png")
writer.SetInput( reader.GetOutput() )
writer.Update()

Answer 2

还有WrapITK，它是ITK的python包装，您可以使用它来编译(因此，您必须自己编译它，但至少不需要编写代码扭曲)。见http://kitware.com/blog/home/post/888，http://www.itk.org/Wiki/ITK/Wrapping，Installation.t。

但是请注意，可能不是所有的过滤器都包装好了(Filters，最近一次更新是在2009年，所以现在情况可能更好)。我遇到的唯一一个编译好的wrapITK包是Devide RE https://www.youtube.com/watch?v=-b1zS536R2M (如果我没有记错的话，它有一个旧版本的ITK，3.2 )，但也可能还有Slicer和vist运动会拥有它(http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2009-August/031910.html)。