均方位移巨蟒

Question

我有一个轨迹文件，从模拟的20,000帧，每帧之间5 ps的时间，我想要做的是计算扩散在二维(x和y轴)。但是要计算二维分子的扩散，首先要计算被研究分子的均方位移。MSD计算分子在随机游动中探索系统所需的平均时间。

我对python编程非常陌生，我真的需要一些帮助来开始这个问题并解决这个问题。希望能得到积极的回应。

Answer 1

那么，MSD和它听起来完全一样，它是均方位移，所以你需要做的是找出每个位置的差值(r(t + dt) -r(t))，然后把它平方，最后取平均值。首先，你必须从x和y中找到r，这很容易。从现在开始我会假设你使用的是numpy。

    import numpy as np
    r = np.sqrt(xdata**2 + ydata**2)
    diff = np.diff(r) #this calculates r(t + dt) - r(t)
    diff_sq = diff**2
    MSD = np.mean(diff_sq)

这是计算MSD的一般方法，那么你可以和布朗运动这样的东西进行比较，其中MSD = 4Dt大约是二维的。