图形图:被杀9人

Question

我是igraph的新手，我试图绘制一个包含~450k顶点的图。

我开始做一些实验：

import igraph
g = igraph.Graph([(0,1), (0,2), (2,3), (3,4), (4,2), (2,5), (5,0), (6,3), (5,6)])
igraph.plot( g, "result.pdf", layout = g.layout("kk") )
# works perfect.

然后，我加载了我的~450k-vertice图，并在绘制该图形时出错。我以为是因为图表太大了。因此，我尝试用一个较小的图形来绘制，如下所示：

g = igraph.Graph( [(1, 63741), (2, 81483), (3, 91394), (4, 60469), (5, 60278), (6, 64544), (6, 73526), (8, 86588), (9, 61415)] )
igraph.plot( g, "result.pdf", layout = g.layout("kk") )
# does not work. produces:
# "Killed: 9" 

然而，我在这个图表上也有同样的问题。

既然我能画一个小图，又不能画一个大图，我不确定它是语法问题还是igraph不处理大图？

我正在使用MacOSXPython2.7.6。图像0.7.1。

Answer 1

你的“小”图实际上包含91395个顶点。igraph中的顶点in是从0到you的-1整数，所以一旦创建了端点91394的边，就会创建91395个顶点(如果它们以前不存在)。而且，我非常肯定，绘制这么大的图形是不可能的，或者即使它成功了，你最终也只能得到一个巨大的发球，因为大多数布局算法都不是为了处理这种大小的图形而设计的。在igraph中，只有DrL算法才能适当地扩展到真正大的图形(或者是基于网格的Fruchterman布局)，但是即使这样，您也需要对顶点和字体大小进行大量的调整，才能得到一些甚至是远程有用的东西。