如何绘制空间显式hdf5文件？-r-光栅

Question

我有一个具有lat/long和十几个值的hdf5数据文件，例如温度。我想要绘制，这样我就可以将数据可视化为地图样式，在轴上有lat/long。有直接的办法吗？我只是在博客上找到了一种非常复杂的方式。对于netcdf数据，我只需使用绘图(Ncvariable)，它就可以工作，而不是使用hdf5文件。

我正在使用rhdf5。如果我读取h5文件和一个特定的值，我只会得到一个向量。

> library(rhdf5)
> ncep<-h5read("CB_OL1_1979OCT.h5", "sh")
> head(ncep)
[1]  1.03953242  0.79024571  2.29503083  0.43957919  0.36909071 -0.04498866

我正在附上文件。我不确定你会称它为三维，它是一个简单的光栅x，y，值。h5文件

Answer 1

您已经有一段时间没有问了，但是如果您还没有找到解决方案，我想提供两种方法来解决这个问题。

由于您的hdf5文件不再可用，所以我选择了一个提供这里的随机文件作为说明。

一方面，在使用plot(grid = TRUE)读取了hdf5文件之后，您可以简单地使用来自rast()的hdf5

library(terra)
#> terra 1.6.17

# read netcdf file
r <- rast("AMSR_E_L3_DailyOcean_V04_20020619.hdf") 

# get layer names
names(r)
#> [1] "Very_low_res_sst" "Low_res_sst"      "Low_res_wind"     "Med_res_wind"    
#> [5] "Med_res_vapor"    "High_res_cloud"   "RFI_angle"

# subset dataset by layer name
rs <- r[["Med_res_vapor"]]
rs
#> class       : SpatRaster 
#> dimensions  : 720, 1440, 1  (nrow, ncol, nlyr)
#> resolution  : 0.25, 0.25  (x, y)
#> extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#> coord. ref. : lon/lat Unknown datum based upon the Clarke 1866 ellipsoid 
#> source      : AMSR_E_L3_DailyOcean_V04_20020619.hdf:GlobalGrid:Med_res_vapor 
#> varname     : AMSR_E_L3_DailyOcean_V04_20020619 
#> name        : Med_res_vapor

plot(rs, grid = TRUE)

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或者您可以选择稍微复杂一点的解决方案，首先使用sf::st_graticules()手动生成网格，然后使用{tidyterra}将{ggplot2}与来自{terra}的SpatRaster和SpatVector对象一起使用。

library(sf)
#> Linking to GEOS 3.9.1, GDAL 3.4.3, PROJ 7.2.1; sf_use_s2() is TRUE
library(ggplot2)
library(tidyterra)

grat <- st_graticule(lon = seq(-180, 180, 30),
                     lat = seq(-90, 90, 30),
                     ndiscr = 100) |> 
  st_transform("epsg:4326") |> 
  vect()

ggplot() +
  geom_spatraster(data = rs) +
  geom_spatvector(data = grat, color = alpha("grey60", 0.5)) +
  coord_sf(expand = FALSE) +
  scale_x_continuous(breaks = seq(-180, 180, 30)) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(-90, 90, 30))
#> SpatRaster resampled to ncells = 5e+05

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