无法安装租赁包

Question

我需要安装R版本3.1.2 (2014-10-31)的租赁包。

我知道这些错误：

    checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
*** stringi cannot be built. Upgrade your C++ compiler's settings
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringi’
ERROR: dependency ‘stringi’ is not available for package ‘stringr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/httr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘selectr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/selectr’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘selectr’ are not available for package ‘rvest’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/rvest’

对如何安装R包租赁有什么想法吗？

Answer 1

我能够构建如下所示的弦I包：

install.packages('stringi', configure.args='--disable-cxx11')

Answer 2

当我试图在新安装的Ubuntu18.04 Rcurl, XML, rvest, xml2上安装Rstudio版本1.1.456中的时，我需要依赖关系，比如。总之，有一堆缺少的依赖项。这个答案可能更适合作为Ubuntu18.04的一个评论，但我没有那么多的声誉。因此，我只想在这里总结一下Ubuntu18.04的解决方案。

在终点站，运行：

 sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev
 sudo apt-get install libxml2-dev

然后在Rstudio内部

install.packages("xml2")
install.packages("rvest")
install.packages("tidyverse")  # might need other dependencies installed in Rstudio

抓到tidyverse了！

在航站楼：

sudo apt-get install libmysqlclient-dev  ## for RMySQL

然后在Rstudio中

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")
biocLite('RUVSeq')             ## might have messages as following

installation path not writeable, unable to update packages: cluster, foreign, MASS, Matrix, mgcv, nlme, survival

在航站楼：

sudo R                      ## give R the root permission
## in the R session within the terminal
pks <- c('cluster', 'foreign', 'MASS', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'survival')
install.packages(pks)
q()

这是我自己的经验。希望这个有一个好的Generalizability.

Answer 3

我对这个问题的回答肯定迟了。尽管如此，也许有人会发现它很有用。

我遇到了同样的问题，所以我在shell上运行了这个命令：

sudo apt-get upgrade pkg-config

对我起作用了。