如何使用来自另一个包的S3方法，该包在其名称空间中使用导出而不是S3method，而不使用using或library()

Question

目前，我正在开发一个R包，并试图遵循http://r-pkgs.had.co.nz的Hadley提供的最佳实践指南。作为其中的一部分，我的目标是在描述文件的Imports部分中拥有所有的包依赖项，而不是依赖项，因为我同意不不必要地改变全局环境的理念(许多CRAN和生物导体包似乎没有遵循这种理念)。

我想在我的包函数中使用生物导体包rhdf5中的函数，特别是h5write()。我现在遇到的问题是，它在其命名空间中没有将其S3方法声明为此类方法。它们是使用(例如)声明的

export(h5write.default)
export(h5writeDataset.matrix)

而不是

S3method(h5write, default)
S3method(h5writeDataset, matrix)

泛型h5write被定义为：

h5write <- function(obj, file, name, ...) {
res <- UseMethod("h5write")
  invisible(res)
}

实际上，这意味着调用rhdf5 5：：h5写失败，因为没有注册适当的h5write方法。

据我所见，有三种解决办法：

1. 在描述文件中使用Depends而不是Imports。
2. 在相关函数的代码中使用library("rhdf5")或require("rhdf5")。
3. 修改rhdf5的命名空间文件以使用S3methods()而不是export()。

所有这些都有缺点。选项1意味着包被加载并附加到全局环境，即使我的包中的相关函数从未被调用。选项2意味着在包中使用library，虽然它再次将包附加到全局环境，但也不推荐使用Hadley Wickham的指导方针。选项3将意味着依赖另一个包创建者更新他们的包在生物导体上，还意味着不再导出S3方法，这反过来会破坏依赖于显式调用它们的其他包。

我错过了另一种选择吗？我在其他地方查看了StackOverflow，发现了以下一些与从另一个包导入S3方法和如何导出S3方法，使其在命名空间中可用？有关的问题，但没有任何问题直接解决我的问题。值得注意的是，与这两种方法中的第一种不同的是，泛型和方法都在同一个包中，但问题是使用export而不是S3method。

再现错误的示例代码(不需要创建包)：

loadNamespace("rhdf5")
rdhf5::h5write(1:4, "test.h5", "test")

Error in UseMethod("h5write") : 
no applicable method for 'h5write' applied to an object of class
"c('integer', 'numeric')

或者，在https://github.com/NikNakk/s3issuedemo中有一个框架包，它提供一个函数demonstrateIssue()来复制错误消息。它可以使用devtools::install_github("NikNakk/s3issuedemo")安装。

Answer 1

这里的关键是除了要使用的泛型之外，还要导入特定的方法。下面是如何让它用于默认方法的方法。

注意事项：这假定test.h5文件已经存在。

#' @importFrom rhdf5 h5write.default
#' @importFrom rhdf5 h5write
#' @export
myFun <- function(){
    h5write(1:4, "test.h5", "test")
}

我还安装了自己的小包来演示这个这里。