安装Statnet软件包时gcc出错

Question

使用R3.2.x (RStudio 0.99.441)在Mac10.10.3上安装statnet。

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [latentnet.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘latentnet’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/latentnet’
Warning in install.packages :
installation of package ‘latentnet’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘latentnet’ is not available for package ‘statnet’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/statnet’
Warning in install.packages :
installation of package ‘statnet’ had non-zero exit status

我尝试更新XCode/命令行工具。还尝试不安装依赖项。我已经能够安装其他软件包，如ergm和sna。

看起来安装是在寻找GCC文件夹，而不是找到它。

whereis gcc

揭示我的gcc在/usr/bin/gcc

看起来安装程序正在/usr/local/lib/gcc/中查找

有办法解决这个问题吗？

Answer 1

这是一个编译错误，只有当您试图从源安装包时，或者当包需要从源编译库时，才会得到该错误。通常，如果您不使用最新版本的R，您可以通过二进制安装statnet，这样R就不必编译源代码包了。

您在消息开头提到的版本(0.99.441)是R的版本，而不是R。R的版本是3.2.x (因此它的地址在Library文件夹中：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources…)。在试图修复编译错误之前，您可能希望将R回滚到类似3.1.2或3.1.3的版本，在此版本上您可能可以下载并以二进制格式安装statnet。

对于编译器来说，我的猜测是，即使你用一个符号链接来修正gcc的地址，你仍然会得到一个关于gfortran的错误或者gcc的版本。一旦我解决了这个问题，安装了R和正确版本的gcc通过国产，但现在我没有可能尝试解决办法，并告诉你确切的方法。

我的经验(关于约塞米蒂)是，如果使用3.1.2或3.1.3，即使需要编译，gcc的错误也不会发生。

Answer 2

sudo mkdir /usr/bin/lib && sudo ln -s /usr/bin/gcc /usr/bin/lib/gcc

在/usr/bin中创建一个名为“`lib”的新目录，并在该新目录中创建一个指向gcc的符号链接。

如果这不能修复错误，则可以使用以下方法撤消它：

sudo rm -i /usr/bin/lib/gcc && sudo rm -id /usr/bin/lib