使用R-INLA运行混合效果模型时出现错误消息

Question

我正在使用R-INLA运行以下模型(Treatment，Animal.1和Animal.2是因子，Encounter.Length是连续的)：

formula <- Encounter.Length ~ Treatment +f(Animal.1, model = "iid", n = n.animal) + 
           f(Animal.2, copy = "Animal.1")

m.1 <- inla(formula, data = inla.dat)

但是，在运行此代码后，我得到以下错误消息：

inla(formula，data = inla.dat)错误:在f(动物1)中：‘协变量’必须与'values‘匹配，并且两者都必须是'numeric’或'factor'/'character‘。

我刚开始使用INLA，我想知道这个错误消息是什么意思，以及如何修复它。

Answer 1

答案(来自r-inla.help)：B的级别不是A的子集(A用于定义B复制的模型)。因此，您必须在各层的联合上定义模型。

例如：

n <- 3 
A <- as.factor(letters[1:n]) 
B <- as.factor(letters[1+1:n]) 
y <- 1:n 

这不起作用

inla(y ~ -1 + f(A) + f(B, copy = "A"), data = data.frame(A, B)) 

但这确实是

values <- as.factor(unique(c(levels(A), levels(B)))) 
inla(y ~ -1 + f(A, values = values) + f(B, copy = "A"), 
data = list(A = A, B = B, values = values))