跳过lapply中的错误，然后继续处理R中的ncdf4文件

Question

我使用“子”脚本在LINUX上提交了一个R脚本。我用R写了一个函数来申请一个列表。但是，一旦遇到一个坏文件，它就会停止运行。如何编写R函数，使其跳过错误并在好的netcdf文件上继续？剧本：

##list files in the SEVIRI data folder
LST1<-list.files(pattern="GT_SSD.*\\.nc",recursive=T, path="/data atsr/SEVIRI/2007")

##Function to create rasters
fun2<-function(x){
##Open the files  
y1<-nc_open(x)
##Get soil moisture variable
y2<-ncvar_get( y1,"LST")
y3<-t(y2)
R1<-raster(y3, xmn=-80,xmx=80,ymn=-42,ymx=80)
proj4string(R1)<-CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84")
frm <- extent(c(-19, 19,2,29))
pfrm <- as(frm, 'SpatialPolygons')  
R3<-crop(R1,pfrm)}

当我应用这个函数时

LST2<-lapply(LST1,fun2)

错误信息是：

 Error in nc_open(x) : 
 Error in nc_open trying to open file GT_SEV_2P/GT_SSD- L2-SEVIR_LST_2-20110122_010000-LIPM-0.05X0.05-V1.0.nc

一旦发生这种情况，脚本将停止运行。我怎样才能保证它能一直运行在好的上？上面的代码只是第一组代码。

Answer 1

下面是try的一个示例。注意，我大大简化了您的函数。我不能肯定这一点，因为我没有您的数据，但是这种更直接的方法在大多数情况下是有效的。当然，您不需要创建用于裁剪的SpatialPolygons对象。

fun2 <- function(x, ext) {
    R1 <- try(raster(x, var="LST"), silent=TRUE)
    if (class(R1) == 'try-error') {
        return(NA)
    }
    frm <- extent(c(-19, 19, 2, 29))
    crop(R1, frm)
}

x <- lapply(LST1, fun2)