在R中的if操作后将数字相加

Question

我有一套数据，其中包括病人在某一日期服用的药物疗程数。

subject<-c(111,111,111,222,222,333,333,333,333)
date<-as.Date(c("2010-12-12","2011-12-01","2009-8-7","2010-5-7","2011-3-7","2011-8-5","2013-8-27","2016-9-3","2011-8-5"))
medicationCourses<-c(1,0,NA,3,4,2,4,5,6)

data<-data.frame(subject,date,medicationCourses)

data

  subject      date        medicationCourses
1     111    2010-12-12             1
2     111    2011-12-01             0
3     111    2009-08-07             NA
4     222    2010-05-07             3
5     222    2011-03-07             4
6     333    2011-08-05             2
7     333    2013-08-27             4
8     333    2016-09-03             5
9     333    2011-08-05             6

我还有他们的入院日期。

hospitalSubject<-c(111,222,333)
admissionDate<-as.Date(c("2011-12-31","2013-12-31","2013-12-31"))

hospitalData<-data.frame(hospitalSubject,admissionDate)

hospitalData

  hospitalSubject admissionDate
1             111    2011-12-31
2             222    2013-12-31
3             333    2013-12-31

我想概述在收生日期或之前的药物治疗课程数目，并得出以下结果：

subject    admissionDate   totalMedicationCourses
 111         2011-12-31            1
 222         2013-12-31            7
 333         2013-12-31            12

我想知道有没有人能让我知道我怎么能在R中做到这一点？我是一个R的新手用户，所以任何的指导都将不胜感激！

Answer 1

一种选择是由subject/hospitalSubject在两个数据集中使用subject/hospitalSubject将两个数据集中在一起，用date <= admissionDate表示行，并通过aggregate获得按'subject/admissionDate‘分组的'medicationCourses’的sum。

d1 <- subset(merge(data, hospitalData, by.x='subject', 
           by.y='hospitalSubject'), date <= admissionDate)

aggregate(medicationCourses~subject+admissionDate, d1, sum,
               na.rm=TRUE, na.action=NULL)
#  subject admissionDate medicationCourses
#1     111    2011-12-31                 1
#2     222    2013-12-31                 7
#3     333    2013-12-31                12

或者我们可以使用data.table，将“data.frame”转换为“data.table”(setDT(data))，将键设置为“subject”(setkey()，并与hospitalData连接，过滤date <= admissionDate所在的行，并获得按“subject”和“admissionDate”分组的“医学课程”的sum。

library(data.table)
setkey(setDT(data), subject)[hospitalData][date <= admissionDate, 
  list(TotalMedicationCourses=sum(medicationCourses, na.rm=TRUE)),
        list(subject, admissionDate)]
#    subject admissionDate TotalMedicationCourses
#1:     111    2011-12-31                      1
#2:     222    2013-12-31                      7
#3:     333    2013-12-31                     12

或使用dplyr的类似方法

library(dplyr)
  left_join(data, hospitalData, by=c('subject'='hospitalSubject')) %>%
        filter(date <=admissionDate) %>% 
        group_by(subject, admissionDate) %>% 
        summarise(TotalMedicationCourses=sum(medicationCourses, na.rm=TRUE))