热图2中的误差

Question

我正在使用heatmap.2在g夜图中创建R中的热图，我的代码用于创建热图。但最近它开始抛出错误。我不知道为什么会这样。

# Matrix to feed heatmap.2
mat = as.matrix(sort_pkmat)
# color palette for diff. colors
my_palette <- colorRampPalette(c("white","red","red4"))(n = 299)
# color breaks for range
col_breaks = c(seq(0,40,length=100),
               seq(40,60,length=100),
               seq(60,90,length=100))

path1 = paste(path,name,'.png', sep = '')
print(path1)
png(path1, 
    width = 10*300,        # 5 x 300 pixels
    height = 8*300,
    res = 300,            # 300 pixels per inch
    pointsize = 8)


heatmap.2(mat, 
          #cellnote = mat,  # same data set for cell labels
          main = "Tag_density_HeatMap", # heat map title
          xlab = "Peaks",
          ylab = "Chip_samples",
          labRow = FALSE,
          labCol = FALSE,
          cexRow = 0.7,           # Changes the size of col and row font size
          cexCol = 0.2,
          notecol="black",      # change font color of cell labels to black
          density.info="none",  # turns off density plot inside color legend
          trace="none",         # turns off trace lines inside the heat map
          margins =c(3,5),     # widens margins around plot
          col=my_palette,       # use on color palette defined earlier
          breaks=col_breaks,    # enable color transition at specified limits
          dendrogram="none",     # only draw a row dendrogram
          Colv= FALSE,           #cluster column
          Rowv = FALSE,
          #keysize = 1
)
dev.off()

现在它抛出错误：

Error in seq.default(min.raw, max.raw, by = min(diff(breaks)/4)) : 
  invalid (to - from)/by in seq(.)
> dev.off()
null device 
          1 

这段代码绘制的是热图，但不是彩色键。

Answer 1

我在使用热图时也遇到了同样的问题。它似乎是由diff( in )返回的向量中有一个或多个零值造成的。当min(diff(断开))为零时，“by”调用失败。我改变了我的断点为不重叠和颜色键可以显示。

最初我有:breaks=c(0，0.033，length=25)，seq(0.033,0.066，length=26)，seq(0.066,0.1，length=25))

我将其更改为: breaks=c(seq(0,0.033，length=25)，seq(0.0331,0.066，length=26)，seq(0.0661,0.1，length=25))

它似乎解决了这个问题，并允许我再次使用颜色键。

Answer 2

我也有同样的问题。我用钥匙制作了一个情节，但没有我想要的那样多的控制：

我完全删除了“中断”选项，使用了col=redblue(64)，生成了一个带有键的双色热图。

Answer 3

我遇到了以下问题，得到了上面的示例：

x = matrix(runif(100^2, min=0, max=100), ncol=100)
my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n = 99) # 100 percent
col_breaks = c(seq(0,10,length=40),  
             seq(11,40,length=30),              
             seq(41,100,length=30))
hm <- heatmap.2(x,
           col=my_palette,       
           breaks=col_breaks,
           dendrogram="none",
           Colv="NA", Rowv="NA")    

生成此热图：

启动热图

但是，如果我在矩阵中引入一个负数，并且修改向量中的断点来解释这个负数，即

x = matrix(runif(100^2, min=-1, max=100), ncol=100)
col_breaks = c(seq(-1,10,length=40),  
             seq(11,40,length=30),              
             seq(41,100,length=30))
hm <- heatmap.2(x,
           col=my_palette,       
           breaks=col_breaks,
           dendrogram="none",
           Colv="NA", Rowv="NA")  

密钥完全失败：

失效热图

按照这个答案添加simkey=FALSE解决了这个问题，在本例中它似乎是有效的：

hm <- heatmap.2(x,
           col=my_palette,       
           breaks=col_breaks,
           symkey=FALSE,
           dendrogram="none",
           Colv="NA", Rowv="NA")

如你所见：

正确热图