使用rpy2将Python变量传递给R

Question

我有一个基本的R脚本，它在MySQL数据集上执行GLM。在bash中使用Rscript可以很好地运行。但是，我想在python脚本中调用它，这样我就可以将它添加到循环中，我可以创建sql语句，但我似乎不能使用rpy2将它传递给R；

for word in words:
    sql_scores = "select a.article_id, response, score  from scores as a join profile as b on a.article_id = b.article_id where response in (1,0) and keyword = '%s';" % (word[0])
    robjects.r("library(RMySQL)")
    robjects.r("mydb = dbConnect(MySQL(), user='me', password='xxxx', host='aws.host', dbname='mydb')")
    robjects.r("results = fetch(dbSendQuery(mydb, '%s'))") % (sql_scores)
    robjects.r("model <- glm(response ~ score , data=results, family=binomial)")
    robjects.r("summary(model)")

如果我打印sql_scores，我可以在MySQL中直接运行这个罚款。然而，Python会产生这个错误；

Loading required package: DBI
Traceback (most recent call last):
  File "keyword_searcher.py", line 30, in <module>
    robjects.r("results = fetch(dbSendQuery(mydb, '%s'))") % (sql_scores)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 268, in __call__
    p = rinterface.parse(string)
 ValueError: Error while parsing the string.

我找不出正确的语法：

robjects.r("results = fetch(dbSendQuery(mydb, %s))") % (sql_scores)

Answer 1

在"%s"周围使用双引号，在robjects.r字符串周围使用单引号：

robjects.r('results = fetch(dbSendQuery(mydb, "%s"))') % (sql_scores)

或者使用format()方法：

robjects.r('fetch(dbSendQuery(mydb, {0}))'.format(sql_scores))

Answer 2

您可以使用robjects.globalenv['varname']访问R环境中的变量。因此，另一种方法是：

robjects.globalenv['sql_scores'] = sql_scores
robjects.r("results = fetch(dbSendQuery(mydb, sql_scores))")