安装非CRAN包需要CRAN镜像

Question

我正在尝试在一个基于Linux的计算集群上安装the R-INLA project的INLA包。程序包不在CRAN上。根据他们的教程，它足以使用

install.packages("INLA",repos=c(getOption("repos"),INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep=TRUE)

用于安装，它在我的本地机器上运行得很好。然而，在计算集群上，似乎需要一个CRAN镜像来运行这个命令，我得到了以下错误：

Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: install.packages -> startsWith -> contrib.url
Execution halted

作为另一种选择，我尝试使用devtools直接从相应的GitHub存储库安装包。由于某些原因，这给出了明显错误的版本号INLA_99.99.9999。这阻止了我通过INLA:::inla.binary.install()手动添加必要的二进制文件，因为没有找到版本号。如有任何帮助，我们不胜感激！

Answer 1

您依赖于在群集上具有有效repos条目的(R全局) options()。

而你..。不能作为基础R发货(在源码中)，没有基础R核心感觉，正确或错误地，他们不能玩最喜欢的和设置一个。我们中的一些人认为这是错误的(因为它降低了用户体验--就像你这里的一样)，所以在Debian (因此是Ubuntu)包中，我将其设置为每个人都很接近的“云”镜像，就像在CDN上一样

edd@rob:~$ tail -6 /usr/lib/R/etc/Rprofile.site 
## We set the cloud mirror, which is 'network-close' to everybody, as default
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://cloud.r-project.org"
    options(repos = r)
})
edd@rob:~$ 

我建议您也这样做，也许是在集群上的~/.Rprofile中。