fMRI图像的FSL下采样

Question

我有一组fMRI图像。一个组的维数为90x60x12x350，体素维数为1x1x1mm (350卷)。另一组的维数为80x35x12x350，体素维数为0.2x0.2x0.5mm。我使用其中一个图像作为参考图像进行注册。由于分辨率不同，注册失败(调情)。所以我必须先降样本或上采样。我尝试了以下方法：

调情-in input_image \ -ref good_size_image \ -out output_image \ -applyxfm \ -init /share/fsl/5.0/etc/调情/ident.mat

这是行不通的，不适用于下采样，也不适用于过采样。

我应该如何纠正下采样/过采样？

Answer 1

如果我理解正确的话，那么你的空间范围是(a) 9 x 6 x 1.2 cm^3和(b) 1.6 x 0.7 x 0.6 cm^3？它们很小，也很不一样。我可以想象，如果图像2覆盖了图像1的一个非常特定的子区域(因为它要小得多)，那么您可能需要给出一个很好的开始估计，才能得到正确的结果。

如果input_image有维度，(b)和good_size_image有维度(a)，那么使用调用

flirt -in input_image 
      -ref good_size_image 
      -out output_image 
      -applyxfm 

(在这种情况下，init选项不是绝对必要的)，

您的输出将是在大得多的体素中显示小得多的空间的图像。我假设输出图像有参考图像的大小(也就是参考图像的概念)，但大多数都是空的。切换(a)和(b)是没有意义的，因为参考图像的空间只能覆盖输入的一小部分。你需要先注册。

您可能希望尝试使用applyisoxfm选项，该选项将图像重新划分为给定大小的立方体素。

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

将覆盖空间(b)到1x1x1mm^3的图像重采样。同样，对于如此小的空间，这可能是粗分辨率。也许这两幅图像都重采样到0.5毫米各向同性，然后注册？

对于这些问题，FSL邮件列表是寻找帮助的一个更好的地方。

Answer 2

您试过使用fslmaths -subsamp2命令吗？