从期望用户输入的R中运行外部程序

Question

我有一个名为GPOPSIM_for_linux的外部程序，我想从R中运行它，该程序希望以参数文件的名称形式输入用户。假设MyParam.txt是它的名称。

在shell中发出printf 'MyParam.txt' | /home/domi89/GPOPSIM/GPOPSIM_for_linux很好，但是当我尝试

> cmd <- "printf 'MyParam.txt' | /home/domi89/GPOPSIM/GPOPSIM_for_linux"
> system2(command = shQuote(cmd))
sh: 1: "printf 'MyParam.txt' | /home/domi89/GPOPSIM/GPOPSIM_for_linux": not found

它不起作用。

Answer 1

我把工作目录搞砸了.而且，正如帕夫库西所暗示的，我需要使用system()而不是system2()

现在起作用了：system("cd ./data; printf 'MyParam.txt' | /home/domi89/GPOPSIM/GPOPSIM_for_linux")

Answer 2

我怀疑system2的问题在于它需要将命令和参数分开。而对于原始的system函数，您可以使用

system('ls -al')

使用system2语法是

system2('ls', args = '-al')