打开MAT文件的脚本中的分段错误

Question

我想在fortran打开一个垫子文件，我跟踪了示例文件。编译和链接在没有任何错误或警告的情况下进行。

这是makefile：

FC = gfortran
FCFLAGS = -g -fcheck=all -Wall
INCLUDES = -I/usr/local/matlab2008a/extern/include
LFLAGS = -L/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64
LIBS = -lmat -lmx
LDFLAGS = "-Wl,-rpath,/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64"

main: main.o param.o dmotifs.o ssa.o
    $(FC) $(LFLAGS) $(LIBS) $(LDFLAGS) -o main main.o param.o dmotifs.o ssa.o  
param.o: param.f90
    $(FC) $(FCFLAGS) -c $<    
dmotifs.o: dmotifs.f90 param.o
    $(FC) $(FCFLAGS) -c $<    
ssa.o: ssa.f90 dmotifs.o
    $(FC) $(FCFLAGS) -c $<   
main.o: main.f90 param.o dmotifs.o ssa.o
    $(FC) -c -cpp $(FCFLAGS) $(INCLUDES) $<    
clean:
    rm -f *.o *.mod *.MOD

然而，当我运行脚本时，我会得到分段错误。

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x37B4C19497
#1  0x37B4C19ADE
#2  0x37B1E358EF
#3  0x7F1EA50EA7C1
#4  0x401A69 in MAIN__ at main.f90:75
Segmentation fault

这是主要代码：

#include "fintrf.h"

PROGRAM main     
USE ssa
IMPLICIT NONE

CHARACTER(LEN=6) :: argfun
TYPE(fhandle), DIMENSION(13) :: fmotifs
TYPE(funnames), DIMENSION(13) :: fnames
TYPE(PRM) p
REAL, DIMENSION(4) :: y0
REAL tf
REAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: t
REAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: y
TYPE(OPTIONS) opt
INTEGER fin
REAL nM2m

! MAT-FILE Declarations !

INTEGER*8 matOpen, matGetDir !, matGetNextVariable
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp, dir, adir(100), pa
INTEGER mxGetM, mxGetN, matClose
INTEGER ndir, i, clstat
CHARACTER*32 names(100) !, name

!===========================!


nM2m=1.355178815844751e3;

opt%numsample=2000
tf=1000000

call get_command_argument(1,argfun)

call makemotifs(fnames,fmotifs)
call getparamdef(p)

if(all(fnames(:)%fn .NE. argfun)) then
    write(*,*) "No such motif: ",argfun
    write(*,*) "Input format-> main <motifname>"
    stop
else


    fin=fchton(argfun)  
    y0=nint(nM2m*analys(p,argfun))


    !*** ==> OPEN MAT-file <== ***!

    mp=matOpen('./PRMS_lxr_29Apr15.mat','r')

    if (mp .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't open MAT-file"
         stop
    end if

    dir = matgetdir(mp, ndir)

    if (dir .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't read MAT-file-directory."
         stop
    endif

    call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)

    do 20 i=1,ndir
         call mxCopyPtrToCharacter(adir(i), names(i), 32)
 20 continue

    write(6,*) 'Directory of Mat-file:'

    do 30 i=1,ndir
        write(6,*) names(i)
 30 continue

    write(6,*) 'Getting Header info from first array.'
    pa = matGetVariableInfo(mp, names(1))
    write(6,*) 'Retrieved ', names(1)
    write(6,*) '  With size ', mxGetM(pa), '-by-', mxGetN(pa)
    call mxDestroyArray(pa)

    clstat=matClose(mp)

    call gillespie(fmotifs(fin),y0,p,tf,opt,t,y)

end if

第75行(正如错误消息中所指出的那样)：dir = matgetdir(mp, ndir)

我不知道如何解决这个问题。如果我注释掉垫子文件的开头部分，那么一切都很好。MAT文件包含一个浮动3D数组(9x5x10000)和两个标量。

编辑

看起来，对于64位系统，指针必须声明为integer*8而不是integer。当我这样做时，我再次得到了这一行的分段错误：

call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)

关于这个主题的Mathworks文档几乎没有，它们使它看起来是一项相当容易的日常工作。地球上有谁真的打开了fortran的垫子档案？有人能分享他们的剧本吗？

Answer 1

从错误消息中的地址长度来看，它看起来像是在64位系统上。

您已经在默认整数中声明并正在存储大多数mat*函数的结果。这可能只是32位类型。mat*函数实际上返回一个机器指针，这将是64位机器上的64位。

链接到的示例代码可能假定为32位平台。

调整mat*函数的声明和为调用这些函数的结果分配的变量。也许是INTEGER(C_INTPTR_T)，C_INTPTR_T来自ISO_C_BINDING。

mathworks提供了一种古老的C预处理方法，用于指定相关类型(例如，matOpen的返回类型为mwPointer)，预处理将其更改为适当的整数类型。就我个人而言，我更喜欢使用自己的接口，使用Fortran 2003的C互操作性特性编写。