RNA到蛋白质程序问题

Question

我的代码有一些问题，我希望得到一些帮助。

程序的第一部分是为了验证用户的输入，所以他们不能输入任何东西，只能输入part (或小写)。但是，如果我输入了其他内容，我会收到一条非常长的错误消息，但我只想要重新启动函数验证检查()的程序。

另外，如果用户输入了一个有效的序列，出于某种原因，我的代码没有将有效的RNA序列转换为蛋白质序列。我认为，这可能与块函数有关，该函数将input_rna中的str分隔为3个字母。

import re

input_rna = input("Type RNA sequence: ")

def chunks(l, n):
    for i in range(0, len(l), n):
        yield l[i:i+n]

def translate():
    amino_acids = {"UUU":"F", "UUC":"F", "UUA":"L", "UUG":"L",
        "UCU":"S", "UCC":"s", "UCA":"S", "UCG":"S",
        "UAU":"Y", "UAC":"Y", "UAA":"STOP", "UAG":"STOP",
        "UGU":"C", "UGC":"C", "UGA":"STOP", "UGG":"W",
        "CUU":"L", "CUC":"L", "CUA":"L", "CUG":"L",
        "CCU":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
        "CAU":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
        "CGU":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
        "AUU":"I", "AUC":"I", "AUA":"I", "AUG":"M",
        "ACU":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
        "AAU":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
        "AGU":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
        "GUU":"V", "GUC":"V", "GUA":"V", "GUG":"V",
        "GCU":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
        "GAU":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
        "GGU":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G",}

    translated = "".join(amino_acids[i] for i in chunks("".join(input_rna), 3))

def validation_check():
    global input_rna
    if re.match(r"[A, U, G, C, T, a, u, g, c, t]", input_rna):
        print("Correct! That is a valid sequence.")
        translate()
    else:
        print("That is not a valid RNA sequence, please try again.")
        validation_check()
validation_check()

Answer 1

除了指出的其他问题外，您的validation_check函数不允许用户再次输入字符串。这意味着您将不断地尝试一次又一次地验证它，而不会更改它。

你可能想做的事情更像是：

def validation_check():
    input_rna = raw_input("Type RNA sequence: ").upper()
    if re.match(r"^[AUGCT]+$", input_rna):
        print("Correct! That is a valid sequence.")
        print translate(input_rna)
    else:
        print("That is not a valid RNA sequence, please try again.")
        validation_check()

这避免了使用全局，允许用户重新放置，并且不会自动导致无限循环。

(尽管如此，在这里使用递归可能是不好的，所以您应该考虑将其实现为while循环。)

你会注意到另外几件事：

• raw_input而不是input，因为后者有一个隐式eval。除非你绝对需要它，否则你想避开它。
• .upper()，因此您可以使用标准化的字符串来验证和关闭。由于基字典只使用大写字符串，这比其他地方推荐的使用re.I更有意义。
• 我让translate返回翻译后的蛋白质，然后打印出来。你可能还想做点别的。

我还在字典查找中添加了一个默认值：

translated = "".join(amino_acids.get(i, '!') for i in chunks("".join(rna), 3)) 

这样，如果您得到了一些奇怪的东西，就可以尝试继续处理，而不必处理KeyError (如果用户输入一个您没有键的序列，比如'CUT')，就会引发这种处理。

我还注意到您允许(但不要翻译)基本的'T'。你也许想调查一下。

总之，我最后得到的完整代码是：

import re

def chunks(l, n): 
    for i in range(0, len(l), n): 
        # print i
        chunk = l[i:i+n]
        # print chunk
        yield l[i:i+n]

def translate(rna):
    amino_acids = {"UUU":"F", "UUC":"F", "UUA":"L", "UUG":"L",
        "UCU":"S", "UCC":"s", "UCA":"S", "UCG":"S",
        "UAU":"Y", "UAC":"Y", "UAA":"STOP", "UAG":"STOP",
        "UGU":"C", "UGC":"C", "UGA":"STOP", "UGG":"W",
        "CUU":"L", "CUC":"L", "CUA":"L", "CUG":"L",
        "CCU":"P", "CCC":"P", "CCA":"P", "CCG":"P",
        "CAU":"H", "CAC":"H", "CAA":"Q", "CAG":"Q",
        "CGU":"R", "CGC":"R", "CGA":"R", "CGG":"R",
        "AUU":"I", "AUC":"I", "AUA":"I", "AUG":"M",
        "ACU":"T", "ACC":"T", "ACA":"T", "ACG":"T",
        "AAU":"N", "AAC":"N", "AAA":"K", "AAG":"K",
        "AGU":"S", "AGC":"S", "AGA":"R", "AGG":"R",
        "GUU":"V", "GUC":"V", "GUA":"V", "GUG":"V",
        "GCU":"A", "GCC":"A", "GCA":"A", "GCG":"A",
        "GAU":"D", "GAC":"D", "GAA":"E", "GAG":"E",
        "GGU":"G", "GGC":"G", "GGA":"G", "GGG":"G",}
    translated = "".join(amino_acids.get(i, '!') for i in chunks("".join(rna), 3)) 
    return translated

def validation_check():
    input_rna = raw_input("Type RNA sequence: ").upper()
    if re.match(r"^[AUGCT]+$", input_rna):
        print("Correct! That is a valid sequence.")
        print translate(input_rna)
    else:
        print("That is not a valid RNA sequence, please try again.")
        validation_check()

# in case you ever need to import this, don't always call validation_check
if __name__ == "__main__":
     validation_check()

Answer 2

正则表达式是错误的，请尝试：

if re.match(r"^[AUGCT]+$", input_rna, re.IGNORECASE):

以下是更好的，因为在RNA中Uracil而不是Thyamine ..。

if re.match(r"^[AUGC]+$", input_rna, re.IGNORECASE):

注意：算法翻译也有问题

list(chunks("".join(input_rna), 3))

你得到：

['ACG', 'AUG', 'AGU', 'CAU', 'GCU', 'U']

最后由"ACGAUGAGUCAUGCUU“提出的问题，如果长度不是3的倍数

解决办法：

"".join(amino_acids[i] for i in chunks("".join(input_rna), 3) if len(i)==3)