链接导入MAT文件的fortran代码时出错

Question

我必须在fortran程序中导入一个MAT文件。我跟踪了示例文件，但是我在链接时遇到了一些问题。编译进行得很好。

最低代码：

#include "fintrf.h"

PROGRAM main 

USE ssa
USE dmotifs
USE param

IMPLICIT NONE

! MAT-FILE Declarations !

INTEGER matOpen, matGetDir 
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp, dir, adir(100), pa
INTEGER mxGetM, mxGetN, matClose
INTEGER ndir, i, clstat
CHARACTER*32 names(100) 

!===========================!

if(all(fnames(:)%fn .NE. argfun)) then
    write(*,*) "No such motif: ",argfun
    write(*,*) "Input format-> main <motifname>"
    stop
else

    fin=fchton(argfun)  
    y0=nM2m*analys(p,argfun)

    ! ==> OPEN MAT-file <== !

    mp=matOpen('./PRMS_lxr_29Apr15.mat','r')

    if (mp .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't open MAT-file"
         stop
    end if

    dir = matgetdir(mp, ndir)

      if (dir .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't read MAT-file-directory."
         stop
    endif

    call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)

    do 20 i=1,ndir
         call mxCopyPtrToCharacter(adir(i), names(i), 32)
 20 continue

    write(6,*) 'Directory of Mat-file:'

    do 30 i=1,ndir
        write(6,*) names(i)
 30 continue

    write(6,*) 'Getting Header info from first array.'
    pa = matGetVariableInfo(mp, names(1))
    write(6,*) 'Retrieved ', names(1)
    write(6,*) '  With size ', mxGetM(pa), '-by-', mxGetN(pa)
    call mxDestroyArray(pa)

    clstat=matClose(mp)

end if
END PROGRAM main

我使用默认命令为compiling+linking使用gfortran4.8.3：

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -o main

当我不包括：#include "finitrf.h"时，这段代码编译得很好(没有链接)，否则编译器会说

Warning: main.f90:1: Illegal preprocessor directive

我试着将finitrf.h重命名为finitrf.f90，但这并没有什么区别。然而，在链接过程中，我得到了以下错误：

main.f90:(.text+0x3ea): undefined reference to `matopen_'
main.f90:(.text+0x487): undefined reference to `matgetdir_'
main.f90:(.text+0x52b): undefined reference to `mxcopyptrtoptrarray_'
main.f90:(.text+0x583): undefined reference to `mxcopyptrtocharacter_'
main.f90:(.text+0x71b): undefined reference to `matgetvariableinfo_'
main.f90:(.text+0x804): undefined reference to `mxgetm_'
main.f90:(.text+0x855): undefined reference to `mxgetn_'
main.f90:(.text+0x89c): undefined reference to `mxdestroyarray_'
main.f90:(.text+0x8b0): undefined reference to `matclose_'
collect2: error: ld returned 1 exit status

我需要一个makefile还是在编译命令中添加额外的参数？

编辑：

我添加了-cpp选项，这消除了Illegal preprocessor directive的问题

现在，当我用路径编译到matlab外部组件(在finitf.h中)时，我仍然会得到相同的错误。

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/extern/lib -cpp -o main

如果我为/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64提供了包含libmat.so在内的其他matlab库的库路径，我仍然会得到相同的错误。

Answer 1

正如Alexander所指出的，编译器需要预处理器使用-cpp选项来识别头文件，而不是将其视为非法文件。

链接需要finitrf.h，它通常位于<matlabroot>/extern/include中，基本库存在于<matlabroot>/bin/<arch>/中。

但是仅仅指定这一点是行不通的，精确的matlab库的规范似乎是必要的；它们是libmat.so和libmx.so。

这些库又依赖于其他库，因此需要另一个标志来设置rpath。

最后，它使用以下命令：

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64 -cpp -o main -lmat -lmx -Wl,-rpath /usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64/

或一般情况

gfortran program.f90 -I<matlabroot>/extern/include -L<matlabroot>/bin/<arch> -cpp -lmat -lmx -Wl, -rpath <matlabroot>/bin/<arch> -o program.out

还请参阅这 post，它与C中的相同问题有关。

Answer 2

对于小写文件扩展名*.f90或*.f，预处理器通常被停用。为此，可以将(主)文件重命名为大写扩展名*.F90或*.F，或者提供相应的命令行选项(-cpp for gfortran，-fpp for ifort)。

假设缺少的子程序/函数实际上是在fintrf.h中声明的，这将解决您的问题。

另外，您应该告诉编译器链接到包含Matlab函数的库中。