Rcpp警告：“选项'-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'”找不到目录

Question

这个问题与其他一些问题有关，比如RccpArmadillo或元级乘法。

然而，我的设置是这样的，我不知道我需要编辑/模拟链接才能让Rccp运行而不给我警告。

我在使用最新R版本的Mac10.9(小牛)上。

在开始时，尝试从这里获得的以下代码RccpvsR，我得到了一个错误：

ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)`  

然后，基于RccpArmadillo，我做了以下工作：

# Update FLIBS in ~/.R/Makevars
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
#Re-Install from source
install.packages(c("Rcpp","RcppArmadillo","inline"),type="source")
#Restart R

这只是尝试一下，因为我没有/usr/local/Cellar/gfortran/目录。实际上，我的所有libgfortran*文件都在这里(在macports上)：

>ls /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.*
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.3.dylib       /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.dylib
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.a       /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.spec

这里，/opt/local/lib/gcc48/gcc/x86_64-apple-darwin13/4.8.3/libgfortranbegin.a和我在任何地方都没有gfortran文件。

然后我又一次尝试了代码RccpvsR，令人惊讶的是，它成功了！除了我收到警告外：

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran' 

当然，它并不存在，但是由代码cosineRcpp创建的函数运行时没有问题。

因此，问一问是否有人知道我是否必须将libgfortran文件在/opt/local/lib/gcc48/中模拟为：

ln -s /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.* /usr/local/lib/

然后删除/编辑行：

FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran

在~/.R/Makevars

或者如果我要安装新的东西。

提前谢谢你的时间！

Answer 1

简短回答

只要把通往libgfortran的路径放到FLIBS中就可以了。

FLIBS=-L/opt/local/lib/gcc48/

或者，如果您对此感到满意，可以将其中的文件符号链接到/usr/local/lib/。但是，这个解决方案非常脆弱，因为如果您更新gfortran或将它移到另一个目录，很容易忘记更新这个路径。

稍长的答案

您可以查询gfortran的libgfortran.dylib路径。

gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib

您只需在Makevars文件中直接执行此操作即可。

FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`

过时的长答案

尝试直接从FLIBS输出解析适当的gfortran。

首先是一些背景。/usr/local/Cellar目录是OS的包管理器自制使用的默认路径。

现在，Homebrew将gfortran及其相关库作为gcc包的一部分提供，因此它安装FORTRAN库的路径已经发生了变化。但是，可以(一般情况下)使用gfortran -print-search-dirs发现它们。例如，在我的系统里，

gfortran -print-search-dirs

会给我

install: /usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
programs: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/
libraries: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../:/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/lib/:/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/lib/

分裂，用R印刷，我看到：

[[1]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"

[[2]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                    
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                    
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"                                                                                          
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"                                                                                      
[6] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[7] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/"                                

[[3]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/"                                
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                       
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../"                                                                       
[6] "/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                                                         
[7] "/lib/"                                                                                                                                                         
[8] "/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"                                                                                                                     
[9] "/usr/lib/"  

在我的例子中，libgfortran实际上住在这里：

/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../

这就是我们想要传递到FLIBS的路径。但是，把它拔出来有点痛苦，所以让我们告诉FLIBS使用gfortran通常使用的任何路径

gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||'

这很好，但我们希望库路径采用适合编译器的格式；即，使用-L。让我们用sed来做吧

gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'

此输出(为可读性而拆分)

-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../
-L/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/lib/
-L/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/lib/

总之，这意味着至少在OS上，以下内容应该适用于您，但是(通常)应该在任何带有gfortran的平台上工作(只要它在PATH上)：

FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

这并不完美，例如，如果你的道路上有空位，它就会失败--如果你这样做了，1)你应该得到你应得的东西；2)它也应该是一个“相对”容易的解决办法。

Answer 2

@kevin(至少我需要这样做，我使用Prezto)对答案的一个小改动是在grep '^libraries:'中添加单引号，结果是：

FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep '^libraries:' | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

将这一行添加到我的~/.R/Makevars文件中就成功了！