运行.awk脚本时出错

Question

我有一个awk脚本：

BEGIN { FS="_" }
/^>/ {
    id=$1;p=$2; wild=$3;subs=$4; c=$NF; next
}
{
    if (p-10<1) s=1
    else if (p+10>length($0)) s=length($0)-20
    else s=p-10
    print id"_"p"_"wild"_"subs">\n"substr($0,s,p-s) c substr($0,p+1,21-p+s)
}

当我跑步的时候，我得到了以下信息：

$ cat test1.fasta | awk -f snp_flank.awk
bash: /usr/bin/awk: /usr/bin/awk: bad interpreter: Too many levels of symbolic links

这是什么意思？

额外信息：

$ ls -l /usr/bin/awk
lrwxrwxrwx 1 root root 21 2011-12-07 16:47 /usr/bin/awk -> /etc/alternatives/awk


$ head -n10 /usr/bin/awk
#!/usr/bin/awk -f

BEGIN { FS="_" }
/^>/ {
    id=$1;p=$2; wild=$3;subs=$4; c=$NF; next
}
{
    if (p-10<1) s=1
    else if (p+10>length($0)) s=length($0)-20
    else s=p-10

看来我意外地用一个awk脚本代替了awk！抱歉的!我该怎么解决这个问题？简单地重新安装awk就能解决这个问题吗？

Answer 1

您不小心覆盖了/usr/bin/awk。

在您的系统上重新安装awk。

sudo apt-get install --reinstall gawk

或

sudo yum reinstall gawk

取决于你的系统。