MPI-IO上不同处理器的二进制数据交织

Question

我试图使用MPI /O (MPI-2.0，mpich2)编写一个二进制文件。

下面是一个最小的示例，其中两个文件“chars”和“ints”应该打印为‘0123.’还有‘abcd’分别使用。

#include <mpi.h>
#include <stdio.h>

int main(int argc, char** argv) 
{
    // Initialize the MPI environment
    MPI_Init(NULL, NULL);

    // Get the number of processes
    int world_size;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);

    // Get the rank of the process
    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);

    // MPI I/O
    MPI_File file;
    MPI_Status status;
    int offset = world_rank;

    // MPI I/O with integers
    MPI_File_open (
        MPI_COMM_WORLD,     // MPI_Comm comm
        "ints",             // char *filename
    MPI_MODE_CREATE |       // int amode
    MPI_MODE_RDWR,
    MPI_INFO_NULL,          // MPI_Info info
    &file                   // MPI_File *fh
    );
    int buf1 = world_rank;
    MPI_File_write_at (
        file,               // MPI_File fh
        offset,             // MPI_Offset offset
        &buf1,              // void *buf
        1,                  // int count
        MPI_INT,            // MPI_Datatype datatype
        &status             // MPI_Status *status
    );
    MPI_File_close (&file);

    // MPI I/O with chars
    MPI_File_open (
        MPI_COMM_WORLD,     // MPI_Comm comm
        "chars",            // char *filename
    MPI_MODE_CREATE |       // int amode
    MPI_MODE_RDWR,
    MPI_INFO_NULL,          // MPI_Info info
    &file                   // MPI_File *fh
    );
    char buf2 = 'a' + (char)world_rank;
    MPI_File_write_at (
        file,               // MPI_File fh
        offset,             // MPI_Offset offset
        &buf2,              // void *buf
        1,                  // int count
        MPI_CHAR,           // MPI_Datatype datatype
        &status             // MPI_Status *status
    );
    MPI_File_close (&file);


    // Finalize the MPI environment.
    MPI_Finalize();
    return 0;
}

我查查的结果是对的，

> od -c chars
0000000   a   b   c   d
0000004

但是对于整数，它只有当np = 0时才能工作。当np >0时，我得到了我不明白的结果：

np = 2：

> od -i ints
0000000         256           0
0000005

np = 3：

> od -i ints
0000000      131328           0
0000006

等。

我的代码是错的，还是“od-i”根本不适合显示带有整数的二进制文件？

谢谢,

尤里

Answer 1

除非您已经用基本类型设置了文件视图，否则偏移索引实际上是以字节为单位的--也就是说，默认的etype是单个字节。这实际上是非常明智的，但如果它被记录在手册中是有帮助的。

因此，改变这一行：

MPI_File_write_at (
    file,               // MPI_File fh
    offset,             // MPI_Offset offset

对此：

MPI_File_write_at (
    file,               // MPI_File fh
    offset*sizeof(int), // MPI_Offset offset

给出你想要的答案：

$ od -i ints 
0000000           0           1           2
0000014

另一方面，如果只在此文件中使用整数，则更容易设置文件视图：

MPI_File_set_view( file, 0, MPI_INT, MPI_INT, "native", MPI_INFO_NULL);
MPI_File_write_at (
    file,               // MPI_File fh
    offset,             // MPI_Offset offset

也很管用。通常，您希望对每个处理器使用不同的文件视图而不是显式的偏移量。