R聚类分析Ward聚类中心

Question

我使用hclust中的欧几里德距离和Ward.D2方法在R中进行了聚类分析。我想使用这些聚类中心作为K-means分析的起点。但是我不知道如何提取Ward方法的中心？有谁能帮帮忙吗？

Answer 1

下面是一个使用虹膜数据集的可重现的例子：

data(iris)
iris.z <- scale(iris[, -5])                            # Standardize the variables
iris.hcl <- hclust(dist(iris.z), method="ward.D2")     # Compute clusters
iris.hcl3 <- cutree(iris.hcl, 3)                       # Cut at 3 clusters
centers <- aggregate(iris.z, by=list(iris.hcl3), mean) # Compute centroids
iris.km3 <- kmeans(iris.z, centers[, -1])              # Compute kmeans
addmargins(xtabs(~iris.hcl3+iris.km3$cluster))         # Compare results
#      iris.km3$cluster
# iris.hcl3   1   2   3 Sum
#       1    49   0   0  49
#       2     1  29   0  30
#       3     0  24  47  71
#       Sum  50  53  47 150

请注意，hcl3中的1行从集群2移到了km3中的集群1，hcl3中的24行从集群3移到了km3中的集群2。