错误:命令'gcc‘失败，退出状态1安装Fatiando (Python包)

Question

我正在尝试安装用于Python的地球物理建模包疲劳法。我有一个带有OSXV10.9.5的Mac。通过遵循包装场地上建议的安装，我获得了Fatiando的所有依赖项(通过Anaconda)。我已经安装了Xcode。

我得到一个警告列表和最后的错误消息：

    fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^

    1 warning and 1 error generated.

    error: command 'gcc' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-CY4vyX-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build
Macintosh-5:fatiando matteoniccoli$ 

完整的终端输出(1100+行)可以找到这里。

我已经联系了开发商，这似乎不是法蒂安多的问题。

有什么建议吗？

更新，3月15日

当我第一次发布这篇文章时，我没有Xcode，然后我从苹果商店下载了最新的Xcode。再试一次，得到了同样的信息。然后我读了这，从这里下载了gcc，并直接安装。但是，当我在终端：gcc --version上输入时，我得到了这个：i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2 (GCC) 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2335.15.00)，尽管如此，我仍然收到类似的消息。在另一个堆栈溢出引导之后，我尝试使用curl setup.py -o -颇具python从setup.py安装setuptools，现在当我尝试安装疲劳操作时，我得到了一个不同的错误(在长输出的末尾)：

fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^  

    1 warning and 1 error generated.  

    error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

    ----------------------------------------

    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-9wI6Z7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando

一个论坛的人通过电子邮件问我：，你安装了Xcode命令行工具吗？如见此http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html

但是，当我试图验证tI是否按照建议成功安装了Xcode命令行工具时，我就明白了，所以我假设这不是问题所在：

-bash: /Library/Developer/CommandLineTools: is a directory

更新3月16日，尝试了Leo提出的解决方案。

pip安装--upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip没有问题，但是

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip让我回到第一步：

...
...    
fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

        #include "omp.h"

                 ^

        1 warning and 1 error generated.

        error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

        ----------------------------------------
        Rolling back uninstall of fatiando

Answer 1

这是一个非常常见的问题，Fatiando安装，特别是在Windows和Mac。OpenMP是在PR 106中引入的fatiando.gravmag正演建模模块。它很容易实现(只需用一个range(ndata)替换一个prange(ndata))，并且在顺序执行过程中导致了1.5-2倍的加速。同时，并行执行也是自动的。因此，在当时，这似乎是一种很好的权衡(“只需安装额外的依赖?什么会出错？”)。

当Anaconda gcc和默认的Mac gcc没有附带OpenMP时，问题就开始了。因此，Windows用户必须安装额外的依赖项(按照非常特定的顺序，就像撒旦仪式一样)，而Mac用户不得不自食其力。

OpenMP和编译的Cython模块正在从Fatiando (#169)中删除，这是multiprocessing和numba的首选。这将使它成为一个纯Python包(不需要编译)，大多数安装问题都应该得到解决。

同时，PR 177从Cython模块中删除了OpenMP需求。这将修复您当前的安装问题。要立即获得更改，可以通过运行以下命令从kill-omp分支安装版本：

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip

如果上面的命令不能工作，这意味着拉请求已经合并到项目的主分支(主)中。如果是这样的话，您可以从master分支安装最新版本：

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip

这些更改将包括在未来的0.4版本中。希望这能解决你的问题。

Answer 2

(知道你用的是哪一种版本的gcc是很有用的。)

gcc在v4.9之前没有与OpenMP合作。

参见这个答案可以帮助您使用xcode更新gcc。