自定义R查找共享对象的位置？

Question

这个问题在RcppArmadillo方面类似于RcppArmadillo。

一些简短的背景：

我目前必须使用CentOS 5系统。当然，CentOS 5附带的编译器太老了，所以我们安装了gcc-4.8.3。现在，其他人关心的是与旧编译器的反向兼容性，因此新的gcc被放在opt目录中。为了使用升级的g++，我必须用Sys.setenv在R中设置Sys.setenv

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH = "/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib:/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64")

现在，我还需要安装一个存档版本的RcppArmadillo。我从克拉恩获得存档包，并通过以下方式安装：

install.packages("RcppArmadillo_0.3.930.1.tar.gz", repose=NULL, type="source")

这似乎没有问题，但当我试图加载库时，我会得到以下错误：

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
  unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so':
  /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found (required by /usr/lib64/R/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so)

据我所知，找到的libstdc++.so文件太旧了，即不是opt目录中较新的文件。我以为通过在上面设置LD_LIBRARY_PATH就可以解决这个问题，但是它似乎仍然在关注/usr/lib64/。有没有办法让R查看另一个目录以获得适当的so文件？当然，如果我做了什么奇怪的事情会导致这一点，我愿意接受其他的解决方案(除了覆盖旧的gcc版本)。

编辑

我还注意到，在安装时，-shared再次显示usr/路径，而不是opt/路径。这就是我想要更新的内容，这样R也会搜索opt目录。

* installing *source* package âRcppArmadilloâ ...
** package âRcppArmadilloâ successfully unpacked and MD5 sums checked
* checking LAPACK_LIBS divide-and-conquer complex SVD unavailable via R-supplied LAPACK
* divide-and-conquer algorithm for complex SVD will be redirected to default
** libs
g++ -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -Wno-variadic-macros -c RcppArmadillo.cpp -o RcppArmadillo.o
g++ -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -Wno-variadic-macros -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -Wno-variadic-macros -c fastLm.cpp -o fastLm.o
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o RcppArmadillo.so RcppArmadillo.o RcppExports.o fastLm.o -L/usr/lib64/R/lib -lRlapack -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -L/usr/bin/gfortran -L/usr/lib64/R/lib -lR

更新

我还尝试手动添加opt目录，方法是在.R目录中创建一个Makevars文件，方法是设置PKG_LIBS += -L$(OPT_PATH)，其中是OPT_PATH = /opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64。编译期间的shared行如下所示：

g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o RcppArmadillo.so RcppArmadillo.o RcppExports.o fastLm.o -L/usr/lib64/R/lib -lRlapack -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -L/usr/bin/gfortran -L/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64 -L/usr/lib64/R/lib -lR

但我还是会犯同样的错误：

/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found 

更奇怪的是(至少对我来说)，运行ldd显示RcppArmadillo.so文件指向正确的文件。

ldd /usr/lib64/R/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so
...
libstdc++.so.6 => /opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64/libstdc++.so.6 (0x00002ae950a3d000)
...

包含GLIBCXX_3.4.9的

Answer 1

我最终用目前的系统找到了一个解决方案。我需要与我们的IT部门协调，以获得临时的sudo特权。然后，在切换到根之后，我需要导出以下两个环境变量。

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib:/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64
export LD_RUN_PATH=/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib:/opt/gcc-4.8.3/rtf/lib64

然后，当我仍然作为根，我打开R和运行

install.packages('RcppArmadillo')

这在我们的RcppArmadillo 5.8系统上安装了最新的CentOS软件包，我们的gcc-4.8.3编译器在opt中的非标准位置。我通过切换到普通用户并成功加载包来验证安装工作。