如何将提交SLURM作业的脚本从Bash转换为Perl？

Question

我有以下Bash脚本，用于将作业提交给集群上的斯隆：

#!/bin/bash
#SBATCH -A 1234
#SBATCH -t 2-00:00 
#SBATCH -n 24

module add xxx
srun resp.com

#SBATCH行是SLURM命令：

• #SBATCH -A 1234是项目编号(1234)。
• #SBATCH -t 2-00:00是工作时间
• #SBATCH -n 24是核的数目

module add xxx加载环境模块 xxx (在本例中，我实际上使用的是module add gaussian，其中gaussian是一个计算量子化学程序)。

srun是启动作业的SLURM命令。resp.com包含用于高斯坐标和原子坐标的命令。

我尝试将Bash脚本转换为下面的Perl脚本，但是它没有工作。我如何在Perl中做到这一点？

#!/usr/bin/perl 

use strict;
use warnings;
use diagnostics;

system ("#SBATCH -A 1234");
system ("#SBATCH -t 2-00:00");
system ("#SBATCH -n 24");

system ("module add xxx");
system ("srun resp.com ");

Answer 1

每个system调用都会创建一个子进程来运行该程序，并在子进程死亡时返回。

module的全部目的是通过修改当前shell的环境来配置它。当这个过程完成(死亡)时，对这些变化说再见。对srun的调用，在它的新过程中，有着一个闪亮的新环境，却没有机会。

向前迈出的步骤：

• 了解SLURM & bash以及为什么system("#SBATCH whatever");可能没有任何价值。提示：#标志着Bash & Perl中注释的开始。
• 了解module add正在使用xxx做什么，以及如何在Perl解释器中复制它在shell中所做的事情。ThisSuitIsBlackNot建议use Env::Modulecmd { load => 'foo/1.0' };复制此功能。
• 除非对module add有任何理解，system ('module add xxx; srun resp.com')会将这两个命令放在同一个shell进程中，但此时您需要问自己，通过在混合程序中添加一个Perl解释器可以得到什么。

Answer 2

你需要做的就是写

#!/usr/bin/perl 

#SBATCH -A 1234
#SBATCH -t 2-00:00
#SBATCH -n 24

use strict;
use warnings;
use diagnostics;

system ("module add xxx && srun resp.com ");

然后提交给

sbatch my_perl_script.pl

#SBATCH行是指定由sbatch命令解析的注释。它们必须是提交脚本中的注释。

module命令修改环境，但是如果在system创建子subshell时使用system调用该环境，则该环境一被调用就会丢失。您需要在与srun相同的子subshell上调用它，如上面所示，或者使用Perl工具在Perl脚本的环境中加载模块，以便srun可以使用其他地方提到的use Env::Modulecmd { load => 'foo/1.0' };。