已安装的目录不可写，无法更新包“boot”、“class”、“KernSmooth”、“mgcv”、“nnet”、“rpart”、“rpart”

Question

我在Ubuntu 14.04上的R版本3.1.2上安装了生物导体软件包，并收到了以下消息：

下载的源代码包位于‘/tmp/rtmpZYw0Qp/message_ packages’警告消息中:安装的目录不可写，无法更新包'boot‘、'class’、'KernSmooth‘、'mgcv’、'nnet‘、'rpart’、‘source’

这是什么意思，它是如何影响使用上述软件包的R？

Answer 1

我在R-工作室工作时也遇到了同样的问题。解决方案是让根访问R。

在Windows中，这意味着您需要以管理员身份运行程序。

在Unix/Linux中，您应该通过执行sudo R从终端启动R。

然后，一旦您以足够的权限运行，您可以尝试安装您的软件包，它应该可以工作。

Answer 2

该警告意味着列出的包有更多的最新版本可用，但您的版本无法更新，因为无法将安装包的目录写入其中。这通常意味着R是以“系统管理员”的权限安装的，但是您正试图以常规用户的身份更新包。

其结果是，在更新的包中实现的特性或bug修复对您来说是不可用的。具体的后果可以是从手册页上的小排版修改到严重的错误修复。定性地说，我的打赌是，对大多数用途来说，这“无关紧要”。

解决方案是在以用户身份运行R时更新这些包，并允许写入安装目录中的包--通常是.libPaths()输出的最后一个元素，或者通过installed.packages()[, "LibPath"]更细粒度的包。

Answer 3

今天，在Windows下安装三个生物导体包时，我也遇到了同样的问题。两个包(我真正想要的包的依赖项)已经以更新的形式出现在我的系统上(如@Morgan解决方案中所描述的那样)，因此不需要采取任何行动。但是，没有安装一个。对于第三个包，我成功地完成了本地文件的安装，该文件是在失败的安装过程中下载的，而无需升级特权(这是我的下一个步骤，如@Ninadmw所述)。

在R中，转到菜单Packages/Install Package(s) from local files并导航到列出的本地下载目录(在您的示例中是/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages )，并选择要安装的包。

在RStudio (您应该使用的)中，转到菜单Tools\Install Packages，将安装从字段更改为Package Archive File (.zip; .tar.gz)，使用Browse...导航到列出的下载目录，在您的示例中是/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages，并选择要安装的包。然后单击Install按钮。