R中的热图(使用heatmap()函数)

Question

我有一个相关矩阵，我想得到一个从冷(负相关)到红色(正相关)的热图，白色是0相关。

现在，heatmap命令看起来似乎是平均的，即使我说'scale=none'，这意味着平均相关性被描绘成白色(在我的例子中，这意味着所有的0关联都是蓝色的)。

你能帮我修一下吗？谢谢

library(stats)
library(gplots)
library(RColorBrewer)
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none', 
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")))

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Answer 1

对于相关矩阵，还可以使用专门为此目的设计的编成或相关图库。他们工作的盒子外，也有额外的绘图功能。在中，您可以找到示例，说明如何使用ggplot2使用geom_tile()或geom_raster()函数绘制这种绘图。

library(corrplot)
library(corrgram)
library(ggplot2)
library(reshape2)

corrplot(cor(mtcars))
corrplot(cor(mtcars), method="color")
corrgram(cor(mtcars))
corrgram(cor(mtcars), lower.panel=panel.shade,
         upper.panel=panel.pie)

p <- ggplot(melt(cor(mtcars)), aes(x=Var1, y=Var2, fill=value))
p + geom_tile() + scale_fill_gradient2(midpoint=0, limits=c(-1, 1))

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Answer 2

这不是一个优雅的解决方案，但它似乎完成了工作。其要点是将频谱限制在相关矩阵所取的值上，并使调色板从brewer.pal提供的11-值最大值(使用奇数重复以使中值保持整数)的调色板更加平滑。

vec <- rep(rev(brewer.pal(11,"RdBu")), each = 101)  # stretched palette
med <- (length(vec) + 1) / 2  # middle of palette
rad <- length(vec) - med  # radius of palette
min.g <- med + min(graph.g) * rad  # lowest value taken
max.g <- med + max(graph.g) * rad  # highest value taken
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none',
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = vec[min.g:max.g])  # palette restricted to realized values