选择R中“密度”对象的特定列

Question

我需要从R中的密度对象中选择单独的观测，这与prior post有关，但我的数据的格式不同。

我从基因表达值"b“的矩阵开始，其中列代表10个观察，行代表1000个基因的表达水平。

b = matrix(rexp(1000),ncol=10)

接下来，我用每条观测作为一条单独的线来绘制密度图。

d = apply(b, 2, density, na.rm = TRUE)

plot(b, type="n", ylim=c(0,1))
for (i in 1:10) { lines( d[[i]] ) } 
abline(h=0.5)

如何选择“b”中的列，其密度在'b,1=0.5‘处的水平线以下？

Answer 1

如果您想获得特定值的估计密度，可以使用approx和密度对象中的点。例如

yv <- sapply(d, function(d) {
    approx(d$x, d$y, .5)[["y"]]
})
yv
# [1] 0.7158584 0.5516512 0.7049119 0.6180026 ...

这将预测密度10中每个密度在x=.5处的x值。

which(yv<.5)
# [1] 5    # (your results may differ due to the random input)

因此，我们只看到第5列符合标准。