R-存储模式列表中的rhdf5包和数组

Question

我正在使用包rhdf5构建一个具有特定地理域气候数据的大型h5。

域在空间中的维数为48x47 (lonxlat)。气候变量(降水、温度.)组织在一个由2256行(48*47=2256)和248个列组成的矩阵中(每天观察8次，为期31天)。

为了满足目标模型的需求，我需要将h5数据集构造为(time，lon，lat) (248,48,47)。为此，我将观测矩阵转换为c维数组(48，47,248) (lon，lat，time)，然后使用命令'aperm‘来切换维数的顺序。

但是，当我在h5文件中写入数据集时，会收到以下消息：“不支持写入这种类型的数据”。

在这里，我使用的代码：

# load package from bioconductor
require(rhdf5)

setwd("path/to/file")

lon <-read.csv("lon_h5.csv", header=FALSE)
lon <-as.matrix(lon) #matrix 48x47
lat <-read.csv("lat_h5.csv", header=FALSE)
lat<-as.matrix(lat) #matrix 48x47

h5createFile("file.h5")
h5createDataset("file.h5", "lon",c(48,47), storage.mode = "double")
h5createDataset("file.h5", "lat",c(48,47), storage.mode = "double")
h5write(lon, file="file.h5", name="lon")
h5write(lat, file="file.h5", name="lat")

tmp <-read.csv(file="temperature.csv", header=TRUE)
tmp = array(tmp,dim=c(48,47,248)) # it loops the 48 longitude points first, then the 47 latitude points, then 248 time steps
tmp = aperm(a=tmp,perm=c(3,1,2)) # switch the order of the dimensions, putting time first, then longitude, then latitude
h5createDataset("file.h5", "tmp",c(248,48,47), storage.mode = "double")
h5write(tmp, file="file.h5", name="tmp")

'Writing of this type of data not supported.'

这个数组有559488个元素(48*47*248)，所以它不应该是一个维度问题。

当我写一个矩阵时，没有任何问题，例如对于lon和lat矩阵。有人知道包rhdf5是否有数组问题吗？

谢谢

更新:很明显，这个问题与数组的“列表”存储模式有关，而这个存储模式没有在rhdf5包中实现。

有人建议我改变tmp的存储模式。

storage.mode(tmp)="double" 

但是这是行不通的( storage.mode(tmp) = "double“：(list)对象中的错误不能被强制输入'double')。我试过了

tmp<-as.numeric(unlist(tmp))

但这将使我的数组的维数从559488元素更改为1262204908 (！)元素。其他建议？谢谢

Answer 1

如果有人对这个问题的解决感兴趣，可以在这里找到：

https://support.bioconductor.org/p/64651/#64682