程序在终端上运行良好，但不使用shell脚本。

Question

我在Linux上。

我有一个名为samtools的程序，它存储在我桌面上的一个文件夹中。我将可执行文件的路径添加到$PATH变量中。换句话说，我的本地~/..bashrc文件有一行：

export PATH="~/Desktop/samtools/samtools-1.1:$PATH"

名为samtools的可执行文件位于此文件夹中。

因此，当我尝试像一个简单的命令一样从命令行启动它时，只需输入"samtools“就可以了。当我在命令行中键入可执行文件的直接路径时，它也能工作。

但是，当我尝试从shell脚本启动它时，它不会启动，并且说没有这样的文件或目录，或者没有找到。

实际上，我试图使用另一个软件，它使用一些shell脚本来预处理一些数据。我所得到的错误如下所示：

Indexing...
./RD_capture//process_one_capture.sh: 17: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found
 Sorting...
 ./RD_capture//process_one_capture.sh: 20: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found
 Piling up...
./RD_capture//process_one_capture.sh: 23: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found

Shell代码如下所示：

echo "Indexing..."
samtools index $INPUTDIR/$sample.bam
#Then we sort them
echo "Sorting..."
samtools sort $INPUTDIR/$sample.bam $TMPDIR/$sample.sorted
#Finally we pile them up
echo "Piling up..."
samtools mpileup $TMPDIR/$sample.sorted.bam | cut -f 1-4 > $OUTPUT/$(basename $sample .bam).pile

有人能帮我解决这个问题吗？

Answer 1

看来Linux无法找到samtools。

解决此问题的：在开始时声明这一点(用从pwd到可执行文件的路径更改pwd )

export set CURRENT_DIR=`pwd`

在调用samtools时，请使用

$CURRENT_DIR/samtools

注释1: --您负责在shell脚本从/usr/bin/sh执行时告诉它到/usr/bin/sh脚本的确切路径。尝试使用命令回显控制台上的路径，如果这没有帮助，如下所示：

echo `pwd`

备注2：注释2:在键盘左上角使用背引号。

注释3: export set用于将全局变量存储在shell脚本中，以便在此命令之后出现的命令可以使用该变量，并在需要时进行更新。